Artsprosjektet

NorBOL workshop i Trondheim

NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 3.-5. desember 2019. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.

Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 8. november 2019. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 1. november for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Aina Mærk Aspaas og Torbjørn Ekrem

NorBOLs fremtid

 

Mange har fått med seg at Forskningsrådets finansiering av NorBOL ender i første halvdel av 2019. Selv om det kan medføre redusert aktivitet på noen områder, vil NorBOL bestå som en nasjonal infrastruktur for DNA-strekkoding, og fremdeles være en aktiv partner for videre bygging av referansebiblioteket for norsk biodiversitet. I samarbeidet med Artsprosjektet vil vi for eksempel fremdeles stå for strekkodingen av arter fra kartleggingsprosjektene, arrangere workshops, og ellers bistå med kompetanse (akkurat som tidligere). Vi jobber med å finne finansiering til å ferdigstille og vedlikeholde vårt strekkode-bibliotek, og håper å kunne bringe gode nyheter i løpet 2019. Nyheten om at Finland finansierer strekkoding som en del av FinBIF er i så måte inspirerende for det videre arbeidet!

Beste hilsen

Torbjørn

Ny workshop på DNA-strekkoding

NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 17.-19. oktober 2018. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.

Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 1. oktober 2018. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 10. september for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Aina Mærk Aspaas og Torbjørn Ekrem

 

DNA-strekkodebiblioteket er en skattekiste for alfa-taksonomi

Alfa-taksonomi er et forskningsområde som tar for seg den detaljerte kunnskapen om arter og artsgrupper, og inkluderer beskrivelse av nye arter, deres utbredelse og biologi. Med utgangspunkt i DNA-strekkodebiblioteket studerer vi en slekt av soppmygg (Mycetophilidae) som heter Allodia. I tillegg til DNA-strekkodene, ser vi også på andre genetiske markører og utseendet til Allodia-artene. Til sammen skal dette resultere i en revisjon, en slags opprydding, av hvilke arter som finnes i denne slekten og hvordan de er i slekt med hverandre og andre grupper av soppmygg.

Soppmyggene er en stor familie av tovinger (fluer, mygg og deres slektninger) som er spesielt artsrik i de nordlige delene av Europa og Amerika. Dette er trolig fordi larvene til de små tovingene lever av sopp, som også er svært artsrike og tallrike i disse områdene. Flere av artene i denne gruppen antas å ha en såkalt sirkumpolar utbredelse, altså en utbredelse tilknyttet det boreale skogbeltet og tundraen.

Allodia sp.Figur 1: Allodia sp. Foto: Karsten Sund, Naturhistorisk Museum ©.

I Norge og resten av Skandinavia har derfor disse små myggene fått mye oppmerksomhet fra forskere, og vi har en god oversikt over den Norske faunaen, blant annet gjennom Artsprosjektet. Den akkumulerte kunnskapen om norsk og skandinavisk soppmyggfauna har resultert i mange DNA-strekkoder fra identifiserte arter. Parallelt med at referansebiblioteket for DNA-strekkoder for soppmygg ble utviklet i Norge, hadde forskere i Canada, ved universitetet i Guelph en annen tilnærming til strekkoding av insekter. I stedet for å fokusere på DNA-strekkoder for identifiserte arter, som vi gjør, strekkoder de også en mengde uidentifiserte insekter fra Malaisefeller (en insektfelle som ligner et telt, samler mange forskjellige flyvende insekter), spesielt i Canada. Dette har resultert i en mengde DNA-strekkoder uten tilknytning til artsnavn.

Kart med strekkoder av AllodiaFigur 2: Kart fra BOLD som viser oversikten over hvor vi har DNA-strekkoder fra arter i slekten Allodia.

Samlet sett er dette et supert utgangspunkt for å studere ulike grupper av soppmygg mer detaljert, som for eksempel mangfold, utbredelsesmønstre og slektskap mellom arter. Vi kan da sammenligne både de identifiserte og ukjente DNA-strekkodene på tvers av landegrenser og regioner – perfekt for en gruppe som soppmyggene med nordlig utbredelse!

genitalier til AllodiaFigur 3: For å sammenligne utseende til ulike arter av soppmygg, må man se på genitaliene. Her er bilder av genitaliene til seks ulike arter Allodia. Foto: Trude Magnussen ©.

De foreløpige resultatene viser at flere arter finnes både i Canada og i Norge. I tillegg viser det seg at mange arter fra Canada trolig er nye for vitenskapen. Grunnen til at vi drar denne konklusjonen er at de dyrene som har ulik DNA-strekkode, også er ulike i genetiske markører fra kjerne DNA og i utseende. Interessant er det også at vi finner nye arter for vitenskapen i Norge! I det videre studiet skal vi se nærmere på slektskapet mellom artsgrupper i Norden og Canada.

Trude Magnussen, Stipendiat ved Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo

Disse resultatene ble presentert på 7th International Barcode of Life Conference, Sør-Afrika, 2017. 

Hva skal Artsprosjektet inneholde?

Det var en fornøyelse å delta på Artsdatabankens lansering av ”Kunnskapsstatus for artsmangfoldet i Norge 2015” på Tøyen hovedgård forrige uke. En grundig rapport basert på artskunnskapen til 60 spesialister ble presentert på en profesjonell og informativ måte. Det kom tydelig fram at dette garantert er den beste oversikten vi har hatt over artsmangfoldet i Norge noen gang. Jeg tør våge påstanden at vi aldri ville vært der vi er uten Artsprosjektet og at analysen av kjent og ukjent diversitet har blitt mer presis gjennom bruk av DNA-strekkoding og satsningen til Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL). Toget har helt klart vært på rett spor.

estimert-antall-uoppdagede-arter-i-norgeEt resultat fra rapporten. Estimert antall uoppdagete arter i Norge. Artsdatabanken CC-BY.

Så hva bør Artsprosjektet inneholde i fremtiden? Det ble antydet både fra talerstolen og fra salen at Artsprosjektet bør finansiere økologiske studier av bedre kjente arter fordi dette vil gi viktig informasjon til rødlistevurderinger og et bedre grunnlag for forvaltningen av artsmangfoldet. Etter min vurdering er dette feilslått strategi. Slike studier har andre kilder til finansiering, noe også Kristin Thorsrud Teien fra Klima og miljødepartementet antydet i sitt innlegg. Oppdagelse og beskrivelse av artsmangfold gir oss grunnleggende kunnskap om alt vi vet om naturen. Det er basal kunnskap som per i dag ikke har annen kilde til ekstern finansiering enn Artsprosjektet.

NorBOL har hatt svært stor glede og nytte av samarbeidet med Artsprosjektet. Vi har ikke bare fått muligheten til å inkludere referansedata for alle mulige artsgrupper i en åpen og tilgjengelig nasjonal forskningsinfrastruktur, men også fått bidra til å øke kompetansen på analyse og forståelse av genetisk diversitet hos våre samarbeidspartnere. DNA-strekkoding har bidratt til oppdagelse av ukjente arter, økt forståelse for kompleksiteten i ulike økosystemer og lagt til rette for nye forskningsprosjekter der molekylære verktøy benyttes til identifisering. Samarbeidet med kartleggingsprosjekt i Artsprosjektet har vært utslagsgivende for at vi i dag har nesten 12 000 arter fra Norge i det internasjonale strekkodebiblioteket.

Jeg håper at Artsprosjektet vil følge sporet som tidligere er lagt og jobbe for oppdagelse av arter til forskning og forvaltning av norsk natur. Som rapporten slo fast er det fremdeles mye å oppdage, beskrive og kartlegge både på lands og til vanns. Artsprosjektet er et fantastisk instrument til å lappe kunnskapshullene vi har om lite kjente organismegrupper, og noe vi er stolte av internasjonalt. NorBOL ser frem til videre samarbeid om dokumentasjon av artsmangfoldet, både gjennom strekkoder og referanseobjekter i vitenskapelige samlinger.

Torbjørn Ekrem

Koordinator NorBOL

Velkommen til workshop i DNA-strekkoding

NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.

Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Gunnhild Marthinsen

Vel blåst! Symposium på biodiversitet og DNA-strekkoding

Symposiet Biodiversity and DNA Barcoding ble holdt på Scandic Nidelven hotell 11-12 november 2015. Med nærmere 100 deltakere fra Norge, Sverige, Canada, Finland, Tyskland, Tsjekkia og Storbrittania ble møtet større enn forventet og en flott møteplass for naturforvaltere, strekkodere, artsprosjektdeltakere og andre interessert i biologisk mangfold og DNA-strekkoding.

Som programmet på symposiesidene kan bekrefte, var det stor variasjon i både tema og organismegrupper. Vi ble ledet gjennom taksonomiske utfordringer i soppriket, hos marine invertebrater og hos insekter, mange først oppdaget ved hjelp av DNA strekkoder. Vi ble tatt med på en reise ned i havet og inn i mosen, og introdusert for de mulighetene molekylære metoder gir oss til å studere næringsnett, pollinering og mikroskopiske organismer. Vi fikk høre om The Planetary Biodiversity Mission, nyvinningene som kommer i BOLD4 og om LifeScanner, et citizen-science initiativ der identifisering med DNA-strekkoding blir tilgjengelig for alle.

speakers symposiumForedragsholdere ved symposiet. Fra venstre: Anders Hobæk, Christiane Todt, Marie Davey, Hans Tore Rapp, Frode Ødegaard, Inger Greve Alsos, Natasha de Vere, Endre Willassen, Kristian Hassel, Sujeevan Ratnasingham, Elisabeth Stur, Christer Erséus, Paul Hebert, Tomas Roslin. Tor Erik Brandrud og Gunn Paulsen var ikke tilgjengelige når bildet ble tatt. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet, CC-BY.

Både arrangører og deltakere synes godt fornøyd med konferansen. Det meste gikk som smurt, maten var god og selv om det ble musikk fra naborommet til de avsluttende presentasjonene på dag to, var det tilfredse deltakere som forlot Scandic Nidelven etter endt møte. Mange takk til alle deltakere for at dere kom! Flere bilder fra konferansen ligger på Flickr.

participants-biodiv&DNAbarcoding-foto-hojemDeltakere på symposiet Biodiversity and DNA barcoding 2015. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet CC-BY.

Torbjørn Ekrem, NTNU Vitenskapsmuseet

Nye lav til samlinger og strekkoding

32 lavforskere fra 12 europeiske land møttes i Steinkjer i uken 3-7 august 2015 for en feltekskursjon og et symposium. NorBOL var til stede og benyttet anledning til å ta nesten 150 prøver av lav for DNA strekkoding, mange av dem av arter som deltagere hadde spesiell kompetanse på. Møtet var arrangert av Nordisk lichenologisk forening og var delvis finansiert av Artsdatabanken og NorBOL.

Einar Timdal, Naturhistorisk Museum, UiO.

Lav ved Mokk kobbergruveDeltakere studerer lav ved Mokk kobbergruve. Foto Mika Bendiksby (CC-BY).

Juha Pykala & Mika BendiksbyJukka Pykälä og Mika Bendiksby tar prøver til DNA-strekkoding. Foto Einar Timdal (CC-BY).

Symposium på artsmangfold og DNA-strekkoding

Symposium banner

Artsdatabanken og det norske nettverket for DNA-strekkoding (NorBOL) har gleden av å invitere til symposium på biodiversitet og DNA-strekkoding i Trondheim 11-12. november 2015. Konferansen har som mål å formidle ny kunnskap om arter i Norge og vise hvordan DNA-strekkoding bidrar til forståelsen av arters mangfold, biologi og økologi. Vi håper at symposiet vil bli en attraktiv møteplass for forskere, studenter og forvaltere av biologisk mangfold og kan friste med foredrag fra flere anerkjente forskere, blant annet Paul Hebert, Sujeevan Ratnasingham, Natasha de Vere og Tomas Roslin. Mer informasjon om konferansen, bekreftede foredragsholdere og lenke til påmelding finnes her: Biodiversity and DNA barcoding. Velkommen!

Arrangementskomiteen
Ingrid Salvesen
Ingrid Ertshus Mathisen
Aina Mærk Aspaas
Torbjørn Ekrem

NorBOL blir nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding

I disse dager signeres kontraktene med Norges forskningsråd og Artsdatabanken om videre finansiering av det norske nettverket for DNA-strekkoding for perioden 2014-2018. Alt ligger dermed til rette for at NorBOL kan utvikles til en fullskala nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding de neste fem årene.

Den videre utbyggingen av det åpne biblioteket med DNA strekkoder over norske arter i Barcode of Life Data Systems vil naturlig nok ha et sterkt fokus, men også kompetanse- og nettverksbygging hos NorBOL-partnere vil bli prioritert. Prosjektet ledes fra NTNU Vitenskapsmuseet i Trondheim med hovedsamarbeidspartnere ved Universitetsmuseet i Bergen, Naturhistorisk museum i Oslo, Tromsø museum – Universitetsmuseet og Biodiversity Institute of Ontario i Guelph. Andre norske samarbeidspartnere i NorBOL, spesielt forskningsinstituttene (se her), vil fortsatt være viktige bidragsytere i prosjektet ettersom svært mye av den taksonomiske kompetansen ligger her. Alle NorBOL partnere er invitert til å delta i prosjektets rådgivende gruppe mens noen utvalgte insitusjoner vil utgjøre styringsgruppen.

Prosjektet har en budsjettert total økonomisk ramme på ca. 100 mill. kroner over fem år. Av dette er drøyt 70% estimert egenbidrag fra samarbeidspartnere og andre forskning- og kartleggingsprosjekter. Det resterende beløpet finansieres av Norges forskningsråd (25,6 mill.) og Artsdatabanken (4 mill.) og vil i hovedsak bidra til ansettelse av fire «barcode managers» ved universitetsmuseene, prosjektkoordinering, workshops og delfinansiering av analysekostnader.

Følg med på norbol.org eller @norwbol på Twitter for jevnlige oppdateringer på prosjektet.