{"id":1228,"date":"2018-01-08T09:00:12","date_gmt":"2018-01-08T08:00:12","guid":{"rendered":"https:\/\/www.norbol.org\/?p=1228"},"modified":"2018-01-08T09:00:12","modified_gmt":"2018-01-08T08:00:12","slug":"genetisk-strekkoding-av-marine-virvellose-dyr-gjennom-norbol-hvor-langt-har-vi-kommet-og-hvor-mye-gjenstar","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/2018\/01\/08\/genetisk-strekkoding-av-marine-virvellose-dyr-gjennom-norbol-hvor-langt-har-vi-kommet-og-hvor-mye-gjenstar\/","title":{"rendered":"Genetisk strekkoding av marine virvell\u00f8se dyr gjennom NorBOL: hvor langt har vi kommet, og hvor mye gjenst\u00e5r?"},"content":{"rendered":"

Disse resultatene, som ble presentert som poster 422 p\u00e5 den syvende IBOL-konferansen<\/a>, gir et \u00f8yeblikksbilde p\u00e5 hvor langt vi har kommet i \u00e5 bygge et kvalitetssikret strekkodebibliotek for marine virvell\u00f8se dyr (b\u00f8rstemark, pigghuder, krepsdyr, nesledyr, bl\u00f8tdyr etc.) i fra Norge og tilst\u00f8tende omr\u00e5der (s\u00e6rlig Sverige, vi har samarbeidet mye med kollegaer i G\u00f8teborg).<\/p>\n

F\u00f8r vi kunne sette i gang for alvor, m\u00e5tte vi skaffe egnet materiale. Marint museumsmateriale er stort sett fiksert p\u00e5 formalin, som \u00f8delegger DNA. Vi har derfor arrangert og deltatt p\u00e5 mange innsamlingstokt, og samarbeider ogs\u00e5 med store prosjekter som MAREANO<\/a> og ulike milj\u00f8kartleggingsakt\u00f8rer for \u00e5 skaffe pr\u00f8ver. Slik har vi de siste \u00e5rene bygget opp store samlinger av spritfiksert materiale ved UM. Vi har ogs\u00e5 noen utfordringer med strekkodingsmetodikken; de s\u00e5kalt \u00abuniverselle\u00bb primerne som brukes i sekvenseringen har varierende suksessrate, og p\u00e5 enkelte dyregrupper vil det v\u00e6re n\u00f8dvendig \u00e5 inkludere andre mark\u00f8rer (DNA-segmenter) enn standarden, som er cox1<\/em>-segmentet.<\/p>\n

N\u00e5 har vi \u2013 sammen med v\u00e5re samarbeidspartnere – sendt inn over 8000 pr\u00f8ver til sekvensering. Av disse har vi f\u00e5tt sekvenser p\u00e5 62 % av pr\u00f8vene, og omkring 75 % av det vi kan kalle morfo-arter: dyr som vi enten kan identifisere til kjente arter basert p\u00e5 litteraturen, eller som vi midlertidig grupperer til \u00abart A\u00bb, \u00abart B\u00bb etc. fordi vi ser at de skiller seg i fra de kjente artene.<\/p>\n

Vi gjorde opp status for enkelte grupper i forhold til antallet kjente arter som finnes i Norge (basert p\u00e5 Artsdatabanken sine lister), og som du kan se er vi godt i gang p\u00e5 en del grupper \u2013 men det er fortsatt mye \u00e5 ta tak i.<\/p>\n

\"Hva<\/a><\/p>\n

Det som ikke<\/em> vises p\u00e5 denne figuren er de 2800 pr\u00f8vene som vi ikke har f\u00e5tt strekkoder p\u00e5 med de gjeldene metodene, og de av pr\u00f8vene som har f\u00e5tt strekkode, men som ikke har navn som korresponderer med Artsdatabanken sine lister over arter i Norge (dette kan skyldes f.eks. at arten ikke er registrert her, at den er ny for vitenskapen, eller at pr\u00f8ven v\u00e5r ikke har blitt identifisert helt til art enda).<\/p>\n

Her er to eksempler p\u00e5 observasjoner som b\u00f8r f\u00f8lges opp med taksonomisk utredning:<\/p>\n

F\u00f8rst ut er en stor sj\u00f8stjerne i fra slekten Diplopteraster<\/em>. I fra Norge har tre individer av D. multipes<\/em> blitt strekkodet. N\u00e5r strekkodene for disse dyrene sammenlignes med andre i den store BOLD-basen s\u00e5 er de identiske med strekkoder som er produsert av andre marinbiologiske laboratorier, men som er identifisert med fem ulike artsnavn basert p\u00e5 morfologien.<\/p>\n

\"Diplopteraster\"<\/a><\/p>\n

Dette er verdt \u00e5 se n\u00e6rmere p\u00e5 \u2013 er de fem artene egentlig bare \u00e9n vidt utbredt art, som vitenskapelige kulturer i ulike land har forst\u00e5tt som ulike arter, s\u00e6regne for sin geografiske region? Eller er det den genetiske mark\u00f8ren vi har brukt som ikke klarer \u00e5 skille mellom faktiske arter i denne gruppen? Slike sp\u00f8rsm\u00e5l krever n\u00e6rmere unders\u00f8kelser med taksonomiske studier, der det fysiske materialet som artsforst\u00e5elsen er basert p\u00e5 kan studeres med kritisk blikk p\u00e5 den vitenskapelige litteraturen. I tillegg b\u00f8r slike vurderinger av artsstatus helst ha data fra andre genetiske mark\u00f8rer slik at b\u00e5de strekkoder og morfologiske karakterer kan vurderes i nytt lys. Noen ganger kan uoverensstemmende artsnavn for identiske strekkoder ganske enkelt skyldes menneskelig feil, – at den som navnsatte en strekkode tok feil i sin artsbestemmelse basert p\u00e5 morfologiske karakterer.<\/p>\n

I det neste eksemplet har vi en antatt art med overraskende stor genetisk variasjon i det strekkodede materialet. Sp\u00f8rsm\u00e5let blir da om b\u00f8rstemarken Ophelina cylindricaudata<\/em> i realiteten best\u00e5r av flere ulike arter. Det ser ut for at de genetiske gruppene som framkommer av strekkodedata kan kobles til ulike habitater som markene lever i.<\/p>\n

\"Ophelina\"<\/a><\/p>\n

Igjen viser det seg et behov for n\u00e6rmere taksonomiske, \u00f8kologiske og evolusjonsbiologiske studier. Etterhvert er det ikke lengre uvanlig at n\u00e6rmere studier av s\u00e5kalt kryptiske arter f\u00f8rst \u00abavsl\u00f8res\u00bb med strekkoder og ved n\u00e6rmere studier kan vise seg \u00e5 ogs\u00e5 ha morfologiske kjennetegn som skiller dem fra sine n\u00e6rmeste slektninger.<\/p>\n

Tilsvarende problemer som disse to eksemplene finnes det mange av. De viser at det er langt igjen til en presis og korrekt forst\u00e5else av artsmangfoldet i marine milj\u00f8er. Men med strekkoding kan vi finne hvor problemene befinner seg og slik sett identifisere behovene for videre arbeid. Selvf\u00f8lgelig m\u00e5 vi heller ikke glemme at kvalitetssikrede strekkoder ogs\u00e5 gir vidtrekkende muligheter for s\u00e5 vel biologer som andre profesjoner for \u00e5 identifisere organismetyper med stor presisjon, enten de foreligger som levende, d\u00f8de, eller som DNA-spor.<\/p>\n

Katrine Kongshavn, Jon A. Kongsrud, Tom Alvestad, Endre Willassen,\u00a0<\/em>Universitetsmuseet i Bergen, avdeling for naturhistorie.<\/em><\/p>\n

Disse resultatene ble presentert p\u00e5 7th International Barcode of Life Conference, S\u00f8r-Afrika, 2017<\/span>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Disse resultatene, som ble presentert som poster 422 p\u00e5 den syvende IBOL-konferansen, gir et \u00f8yeblikksbilde p\u00e5 hvor langt vi har kommet i \u00e5 bygge et kvalitetssikret strekkodebibliotek for marine virvell\u00f8se dyr (b\u00f8rstemark, pigghuder, krepsdyr, nesledyr, bl\u00f8tdyr etc.) i fra Norge og tilst\u00f8tende omr\u00e5der (s\u00e6rlig Sverige, vi har samarbeidet mye med kollegaer i G\u00f8teborg). F\u00f8r vi […]<\/p>\n","protected":false},"author":7,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[3,23,24],"tags":[],"class_list":["post-1228","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-aktuelt","category-ibol2017","category-marin"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1228","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/7"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1228"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1228\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1228"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1228"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.norbol.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1228"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}