Hva er DNA-strekkoding?

DNA-strekkoding er en metode for å identifisere arter ved hjelp av en kort, standardisert del av arvematerialet (DNA). Denne DNA-sekvensen fungerer som en genetisk strekkode som er karakteristisk for hver art. Ved å sammenligne strekkoden fra en ukjent prøve med et referansebibliotek, kan man bestemme hvilken art prøven tilhører.

Hva er forskjellen på DNA-strekkoding og metastrekkoding?

DNA-strekkoding brukes til å identifisere én art om gangen ved å analysere DNA fra en enkelt organisme eller prøve. DNA-sekvensen sammenlignes med et referansebibliotek for å fastslå hvilken art prøven tilhører.

DNA-metastrekkoding brukes når en prøve inneholder DNA fra mange arter samtidig, for eksempel i jord, vann eller luft (miljø-DNA). Her analyseres alle relevante DNA-sekvenser i prøven parallelt, noe som gir en oversikt over hvilke arter som er til stede i et miljø.

Hvor forskjellige er DNA-strekkodene til to nært beslektede arter?

DNA-strekkodene til to nært beslektede arter er ofte svært like, men de inneholder vanligvis små, konsistente genetiske forskjeller som gjør det mulig å skille artene fra hverandre. Forskjellene kan bestå av noen få basepar i den standardiserte DNA-sekvensen som brukes som strekkode.

Hvor tydelig forskjellen er, varierer mellom organismegrupper. I mange tilfeller gir DNA-strekkoding en klar artsavgrensning, men hos enkelte grupper, særlig nylig divergerte arter, hybrider eller arter med pågående genflyt, kan strekkodene være delvis eller helt overlappende. I slike tilfeller kan det være nødvendig å bruke tilleggsgener, flere genetiske markører eller kombinere DNA-data med morfologiske og økologiske kjennetegn.

Brukes de samme genetiske markørene som strekkode for alle arter?

Nei, det brukes ulike genetiske markører som DNA-strekkode for forskjellige grupper av organismer. En god strekkodemarkør må variere nok til å skille arter, men samtidig være tilstrekkelig lik innen samme art.

For dyr brukes oftest en del av det mitokondrielle genet COI (cytochrome c oxidase I). For planter benyttes vanligvis en kombinasjon av markører fra kloroplast-DNA, som rbcL og matK, ofte supplert med andre regioner. For sopp er den mest brukte strekkoden ITS-regionen i ribosomalt DNA. For bakterier og arkéer brukes ofte 16S rRNA-genet.

Valg av genetisk markør avhenger altså av organismegruppe og formål, og i noen tilfeller brukes flere markører for å oppnå sikker artsidentifikasjon.