Author: torbjoe

  • NorBOL workshop 10. februar

    NorBOL arrangerer online workshop for alle som er interessert i å lære mer om hvordan en sender inn prøver og legger inn bilder og metadata i Barcode of Life Data Systems. Vi vil også gå gjennom noen av analyseverktøyene som plattformen tilbyr. Workshopen arrangeres 10 februar på Zoom fra kl. 09:00 – 13:00. Et mer detaljert program vil være tilgjengelig i begynnelsen av februar. Ta kontakt med Aina Mærk Aspaas eller Torbjørn Ekrem om du ønsker å melde deg på.

  • NorBOL har fått nye nettsider

    Som du ser har NorBOL sine nettsider fått en oppfriskning i farger og innhold. Er det noe du savner? Ta kontakt med oss om du har forslag til innhold.

  • Kurs: Artsavgrensning og DNA-strekkoding

    Forskerskolen i biosystematikk (ForBio) og Svenske Artprojektet arrangerer nok en gang det populære kurset “DNA barcoding – from sequences to species”. Kurset går over fem dager i mars 2024 og er åpent for alle medlemmer og assosierte medlemmer av ForBio. Målgruppen er PhD-studenter, masterstudenter, postdoktorer, konsulenter og forvaltere av naturmangfold som ønsker å lære mer om temaet. Undervisningen vil foregå på engelsk. For mer informasjon og påmelding, se kurssiden her: ForBio and STI course: DNA barcoding – from sequences to species 2024

  • Biodiversity Genomics Europe (BGE) offers DNA barcoding and genome skimming of European species

    One of the many goals in BGE is to fill gaps in the barcode reference library of European species. There is a particular focus on pollinators, freshwater, marine and other species of significance for environmental monitoring, but all multicellular organisms are relevant. A list of European animal species missing from the reference library is developed and available through the BIOSCAN Germany website. The submission of samples and metadata is very similar to what we have done through NorBOL over the last few years and all sequencing costs will be covered by the project. NTNU University Museum and the Natural History Museum at the University of Oslo are partners in the project and can assist with submission and preparation of samples. Please contact Torbjørn Ekrem if you are interested in contributing.

  • Biodiversity Genomics Europe (BGE) tilbyr DNA-strekkoding og skimming av europeiske arter

    Et av målene i BGE er å fylle i referansebiblioteket for europeiske arter. Det er et spesielt fokus på pollinatorer, ferskvannsarter, marine arter og arter viktige for miljøovervåkning, men materiale fra alle flercellede organismer er aktuelt. Det er utarbeidet en liste over dyr som mangler strekkoder i BOLD her. Velg gruppen du ønsker informasjon om og vent til tabellen lastes (det kan ta litt tid). Innsending av prøver og metadata er veldig likt det vi har gjort i NorBOL de siste årene og alle kostnader til sekvensering blir dekket av prosjektet. NTNU Vitenskapsmuseet og NHM i Oslo er partnere i prosjektet og kan hjelpe til med fasilitering. Ta gjerne kontakt med Torbjørn Ekrem om du ønsker mer informasjon om hva dette går ut på og hvordan du kan bidra.

  • NorBOL 2 søknad innsendt til Forskningsrådet

    Sammen med partnere fra Naturhistorisk museum i Oslo, Norges arktiske universitetsmuseum i Tromsø, Universitetsmuseet i Bergen og Centre for Biodiversity Genomics ved University of Guelph, sendte NTNU Vitenskapsmuseet inn søknad til Forskningsrådets infrastrukturprogram 15. november. I søknaden argumenteres det blant annet for behovet om å fortsette arbeidet med referansebiblioteket over norske arter, utvikle naturbiobanker ved norske naturhistoriske samlinger, videreutvikle protokoller for isolering av DNA fra utfordrende prøver, og for behovet for genome skimming og referansegenomer over utvalgte arter. Svar ventes i midten av 2024 med eventuell oppstart i januar 2025.

  • Invitasjon til NorBOL-workshop 2023

    NorBOL inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6-8. desember, 2023. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Vi satser på en fysisk workshop i år der deltakerne samles ved NTNU Vitenskapsmuseet. Alle er velkomne og NorBOL dekker reiseutgifter og overnatting til en deltaker per artsprosjekt i tillegg til lunsj og middag for alle deltakere.

    Tilreisende deltakere tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger. Vi går også gjennom de mest brukte analysefunksjonene i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenken for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale; et tentativt program er gitt nedenfor.

    Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på e-post innen 1. november 2023.

    Påmeldingen må inneholde

    • navn, adresse og kontaktinformasjon
    • om du har behov for overnatting
    • eventuelle allergier eller diettkrav
    • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
    • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
    • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr

    Vi håper mange har mulighet til å delta!

    Hilsen Aina og Torbjørn

    Tentativt program

    Onsdag 6. desember

    11:00 Ankomst deltakere
    12:00 Lunsj
    13:00 Kahoot
    13:15 Generell innføring i DNA strekkoding, NorBOL og iBOL, Presentasjon av BOLD, Gjennomgang av alle sampling-stegene og utfylling av data-ark. Jobbe med eget materiale:
    – Last opp data til BOLD
    – Ta bilder og last opp til BOLD
    – Prøvetaking
    – Last opp sekvenser og trace-files
    19:00 Middag

    Torsdag 7. desember

    09:00 Jobbe med eget materiale
    12:00 Lunsj
    13:00 Jobbe med eget materiale
    16:00 Hva gjør du når resultatene kommer? Analytiske verktøy i BOLD
    18.30 Middag

    Fredag 8. desember

    09:00 Analyser i BOLD v4. Analyser egne data eller et eksempel-datasett evt. jobbe med eget materiale
    12:00 Lunsj

  • 2 millioner år gammelt DNA identifisert med referanser fra PhyloNorway

    Identifisering av tidligere tiders artsamfunn har nådd et nytt høydepunkt: 2 millioner år gammelt DNA fra Kap København på Grønland har avslørt et økosystem veldig forskjellig fra dagens arktiske miljø. Her levde blant annet mastodonter, tuja og gran sammen med reinsdyr og gjess. Studiet er publisert i det anerkjente tidsskriftet Nature og lot seg gjennomføre ved å bruke et referansebibliotek opparbeidet av PhyloNorway i samarbeid med NorBOL, der Norges arktiske universitetsmuseum med professor Inger Greve Alsos i spissen har vært helt sentrale. Les mer om funnene på forskning.no.

  • BIOSCAN NOReDNA Conference 2022

    NTNU Vitenskapsmuseet i samarbeid med Naturhistorisk museum (UiO), Norges arktiske universitetsmuseum (UiT) og Artsdatabanken inviterer til konferanse om miljø-DNA og DNA metastrekkoding 9-10 november, 2022. Konferansen holdes på Scandic Nidelven i Trondheim og har som mål å samle ekspertise fra inn- og utland til faglige diskusjoner rundt bruk av molekylære verktøy til kartlegging og overvåkning av biologisk mangfold. For mer informasjon om registrering, program og annet, se konferansens nettside: BIOSCAN NOReDNA 2022

  • Invitasjon til workshop i DNA-strekkoding 2021

    NorBOL inviterer til workshop i DNA-strekkoding 25.-26. november 2021. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Vi satser på en hybrid workshop i år der introduksjoner og foredrag skjer digitalt, mens opplæring i prøvetaking og fotografering skjer fysisk ved et av universitetsmuseene. Vi tar også imot tilreisende deltakere ved NTNU Vitenskapsmuseet og kan refundere reise- og overnattingsutgifter for deltakere i kartleggingsprosjekt finansiert av Artsprosjektet.

    Tilreisende deltakere tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger. Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenken for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

    Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på e-post innen 8. november 2021. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 1. november for ikke å komme på venteliste.

    Påmeldingen må inneholde

    • navn, adresse og kontaktinformasjon
    • om du har behov for overnatting
    • eventuelle allergier eller diettkrav
    • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
    • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
    • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
    • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
    • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD4

    Vi håper mange har mulighet til å delta!

    Hilsen Aina Mærk Aspaas og Torbjørn Ekrem

Translate »