Author: torbjoe

  • Hva skal Artsprosjektet inneholde?

    Det var en fornøyelse å delta på Artsdatabankens lansering av ”Kunnskapsstatus for artsmangfoldet i Norge 2015” på Tøyen hovedgård forrige uke. En grundig rapport basert på artskunnskapen til 60 spesialister ble presentert på en profesjonell og informativ måte. Det kom tydelig fram at dette garantert er den beste oversikten vi har hatt over artsmangfoldet i Norge noen gang. Jeg tør våge påstanden at vi aldri ville vært der vi er uten Artsprosjektet og at analysen av kjent og ukjent diversitet har blitt mer presis gjennom bruk av DNA-strekkoding og satsningen til Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL). Toget har helt klart vært på rett spor.

    estimert-antall-uoppdagede-arter-i-norgeEt resultat fra rapporten. Estimert antall uoppdagete arter i Norge. Artsdatabanken CC-BY.

    Så hva bør Artsprosjektet inneholde i fremtiden? Det ble antydet både fra talerstolen og fra salen at Artsprosjektet bør finansiere økologiske studier av bedre kjente arter fordi dette vil gi viktig informasjon til rødlistevurderinger og et bedre grunnlag for forvaltningen av artsmangfoldet. Etter min vurdering er dette feilslått strategi. Slike studier har andre kilder til finansiering, noe også Kristin Thorsrud Teien fra Klima og miljødepartementet antydet i sitt innlegg. Oppdagelse og beskrivelse av artsmangfold gir oss grunnleggende kunnskap om alt vi vet om naturen. Det er basal kunnskap som per i dag ikke har annen kilde til ekstern finansiering enn Artsprosjektet.

    NorBOL har hatt svært stor glede og nytte av samarbeidet med Artsprosjektet. Vi har ikke bare fått muligheten til å inkludere referansedata for alle mulige artsgrupper i en åpen og tilgjengelig nasjonal forskningsinfrastruktur, men også fått bidra til å øke kompetansen på analyse og forståelse av genetisk diversitet hos våre samarbeidspartnere. DNA-strekkoding har bidratt til oppdagelse av ukjente arter, økt forståelse for kompleksiteten i ulike økosystemer og lagt til rette for nye forskningsprosjekter der molekylære verktøy benyttes til identifisering. Samarbeidet med kartleggingsprosjekt i Artsprosjektet har vært utslagsgivende for at vi i dag har nesten 12 000 arter fra Norge i det internasjonale strekkodebiblioteket.

    Jeg håper at Artsprosjektet vil følge sporet som tidligere er lagt og jobbe for oppdagelse av arter til forskning og forvaltning av norsk natur. Som rapporten slo fast er det fremdeles mye å oppdage, beskrive og kartlegge både på lands og til vanns. Artsprosjektet er et fantastisk instrument til å lappe kunnskapshullene vi har om lite kjente organismegrupper, og noe vi er stolte av internasjonalt. NorBOL ser frem til videre samarbeid om dokumentasjon av artsmangfoldet, både gjennom strekkoder og referanseobjekter i vitenskapelige samlinger.

    Torbjørn Ekrem

    Koordinator NorBOL

  • DNAqua-Net: a COST-Action for developing new genetic tools for bioassessment of aquatic ecosystems in Europe

    dnaqua_net-logo

    From the COST-Action CA152119 websiteThe protection, preservation and restoration of aquatic ecosystems and their functions is of global importance. For European states it became legally binding mainly through the EU-Water Framework Directive (WFD). In order to assess the ecological status of a given water body, aquatic biodiversity data are obtained and compared to a reference water body. The quantified mismatch thus obtained determines the extent of potential management actions. The current approach to biodiversity assessment is based on morpho-taxonomy. This approach has many drawback such as being time consuming, limited in temporal and spatial resolution, and error-prone due to variation of individual taxonomic expertise of the analysts. Novel genomic tools can overcome many of the aforesaid problems and could complement or even replace traditional bioassessment. Yet, a plethora of approaches are independently developed in different institutions, thereby hampering any concerted routine application. The goal of this Action is to nucleate a group of researchers across disciplines with the task to identify gold-standard genomic tools and novel eco-genomic indices for routine application for biodiversity assessments of European water bodies. Furthermore, DNAqua-Net will provide a platform for training of the next generation of European researchers preparing them for the new technologies. Jointly with water managers, politicians and other stakeholders, the group will develop a conceptual framework for the standard application of eco-genomic tools as part of legally binding assessments.

    The inaugural meeting of DNAqua-Net was held in the COST-building in Brussels on October 20, 2016. The COST-Action was formally accepted and chair and working group leaders were elected. So far 31 countries are associated with the action, med representatives in the Management Committee nominated by national COST-coordinators. The delegates from Norway are Trude Vrålstad (Norwegian Veterinary Institute) and Torbjørn Ekrem (NTNU University Museum). The first conference of DNAqua-Net will be held in Essen, Germany, March 6-8, 2017, with post conference meetings in the five working groups (leads in parentheses):

    • DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
    • Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
    • Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
    • Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
    • Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)

    participants-dnaqua-net-meeting-brusselsParticipants at the inaugural meeting in the COST-Action DNAqua-Net.

  • DNAqua-Net: En COST-aksjon for utvikling av genetiske verktøy til undersøkelse av akvatiske økosystem

    dnaqua_net-logo

    Vann er en uerstattelig naturlig ressurs som samtidig er sterkt påvirket av menneskelig aktivitet. Ferskvann er hjem til nærmere 100 000 arter, nesten 6% av det kjente artsmangfoldet på kloden. Mange av disse artene har spesifikke krav til miljøet de lever i og er gode indikatorer for vannkvalitet og forurensning. Allikevel blir en stor del av artsgruppene ikke vurdert i kartlegging og overvåkning av ferskvann fordi de er vanskelige og tidkrevende å identifisere på ytre kjennetegn. Nye avlesningsteknikker for DNA muliggjør storstilt DNA-sekvensering av miljøprøver og kan revolusjonere måten vi vurderer og overvåker mangfoldet i ferskvann. Miljøstrekkoding, som dette kalles, vil dermed bli et viktig verktøy for Norges og andre europeiske lands oppfølging av EUs Vanndirektiv. DNAqua-Net har som mål å samle Europeiske forskningsmiljø for å etablere felles europeiske standarder for bruk av genomikk-verktøy i analyse og overvåkning av biologisk mangfold i ferskvann. Nettverket vil også utvikle en plattform for trening av neste generasjons forskere innenfor dette fagområdet.

    Det første oppstartsmøte for DNAqua-Net ble holdt i COST sine lokaler i Brussel 20. oktober, 2016. Her ble aksjonen formelt godkjent og ledere for nettverket og deres arbeidsgrupper valgt. Så langt er 31 land tilknyttet aksjonen, med representanter i management committee oppnevnt av nasjonale COST-koordinatorer. Norges representanter er Trude Vrålstad (Veterinærinstituttet) og Torbjørn Ekrem (NTNU Vitenskapsmuseet). Aksjonens første konferanse skal holdes i Essen, Tyskland, 6-8 mars, 2017, med påfølgende møter i de fem arbeidsgruppene (ledere i parentes):

    • DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
    • Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
    • Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
    • Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
    • Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)

    participants-dnaqua-net-meeting-brusselsDeltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.

  • Natural History Museum at the Oslo Science Fair

    The Natural History Museum in Oslo and NorBOL participated at the Oslo Science Fair September 23-24, 2016. At our stand we communicated challenges with biological, morphological and genetic species definitions. Fifteen hundered shots of juice were served with the task of identifying which three fruits the juice was composed of. To help them with the task, people received visual DNA barcodes of the fruits as well as a reference library of fruit barcodes. Many learned how DNA barcoding can be used to determine the content of food.

    Gunnhild med juicenGunnhild Marthinsen serves unknown juice at the Oslo Science Fair. Photo Dag Inge Danielsen CC-BY.

    juice-testingPhD-student Sonja Kistenich shows how DNA barcoding works. Photo Gunnhild Marthinsen CC-BY.

    Gunnhild

  • NorBOL at Researchers’ Night 2016

    On Friday September 23 time had come for Researchers’ Night in the NTNU Science Building. Like previous years, the interest for participation was great and more than 1100 high school students trawled the stands, attended lectures and visited labs at NTNU. NorBOL was present with a stand on DNA barcoding and LifeScanner.

    NorBOL at RNXiaolong and Aina welcome visitiors to NorBOL’s stand at Researchers’ Night 2016. Photo Torbjørn Ekrem CC-BY.

    At our stand, students and teachers were challanged to do practical DNA barcoding: Three visualized DNA sequences from unknown prey had been retrieved from a boreal owl pellet and could be compared to known sequences in a reference library. The task was not necessarily simple and created good discussions among the participants. As prize and proof of particpation, the stydents received #mydnabarcode stickers.

    Referansebibliotek RNTorbjørn explains how DNA barcoding works. Photo Xiaolong Lin CC-BY.

    Active visitors at the NorBOL stand. Video Torbjørn Ekrem CC-BY.

    Thanks to Aina, Erik and Xiaolong for excellent contributions to the NorBOL stand and Researcher’s Night!

    Torbjørn

  • Velkommen til workshop i DNA-strekkoding

    NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

    Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.

    Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.

    Påmeldingen må inneholde

    • navn, adresse og kontaktinformasjon
    • om du har behov for overnatting
    • eventuelle allergier eller diettkrav
    • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
    • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
    • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
    • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
    • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4

    Vi håper mange har mulighet til å delta!

    Hilsen Gunnhild Marthinsen

  • NorBOL på Forskningstorget i Oslo

    Naturhistorisk museum i Oslo og NorBOL deltok på Forskningstorget i Oslo 23-24. september 2016 hvor vi formidlet problematikk rundt biologiske, morfologiske og “genetiske” arter. Femten hundre shotsglass med juice ble delt ut, og folk fikk prøve å smake seg til hvilke tre frukter juicen bestod av. Til hjelp hadde de «strekkodene» til de tre fruktene, og et bibliotek over frukt-strekkoder. Dermed lærte mange at DNA strekkoding kan brukes til bestemmelse av ingredienser i matvarer.

    Gunnhild med juicenGunnhild Marthinsen serverer ukjent juice på Forskningstorget. Foto Dag Inge Danielsen CC-BY.

    juice-testingPhD-student Sonja Kistenich viser hvordan DNA-strekkoding fungerer. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.

    Gunnhild

  • NorBOL på ungdommens forskernatt ved NTNU

    Fredag 23. september var det igjen tid for Researchers’ Night – ungdommens forskernatt i Realfagbygget på NTNU. I år som tidligere var det svært stor interesse fra skoler som ville delta og over 1100 elever fra videregående skole trålet gjennom stands, forelesninger og laboratoriebesøk i løpet av de fire timene arrangementet varte. NorBOL stilte med stand om DNA strekkoding og LifeScanner.

    NorBOL at RNXiaolong og Aina ønsker velkommen til NorBOLs stand på Researchers’ Night 2016. Foto Torbjørn Ekrem CC-BY.

    Hos oss fikk elever og lærere få prøve seg på praktisk DNA-strekkoding: DNA-sekvenser fra ukjente byttedyr i en gulpebolle ble sammenlignet visuelt med kjente sekvenser i et lite referansebibliotek. Oppgaven var ikke nødvendigvis veldig lett og skapte stort engasjement. Som premie for utført oppgave fikk elevene klistremerker med #mydnabarcode.

    Referansebibliotek RNTorbjørn forklarer hvordan DNA-strekkoding virker. Foto Xiaolong Lin CC-BY.

    Stor aktivitet på NorBOLs stand. Video Torbjørn Ekrem CC-BY.

    Mange takk til Aina, Erik og Xiaolong som gjorde en glimrende innsats i forberedelse og gjennomføring av vår stand!

    Torbjørn

  • Mushroom Day at Tromsø University Museum

    Every year in the mushroom-season, the Tromsø Mushroom Society arrange mushroom check-points at the Tromsø University Museum where the general public can have their collected mushrooms identified. They also invite to guided tours and celebrate “Mushroom Day”. NorBOL attended all check-points so far this year and has received plenty of species for DNA barcoding.

    Sopp fra soppens dagOne of the sampled mushrooms: Hygrocybe cf. pratensis. Photo Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    “Mushroom Day” was held at Tromsø University Museum on September 4th and included an exhibition of freshly picked specimens as well as the regular check-point and a local guided tour. NorBOL attended the event and received about 20 new species for barcoding. Most of these came from the exhibition made by the Mushroom Society, but some were also donated by the visitors.Sopputstilling på soppens dagMushroom exhibition on Mushroom Day. Photo Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    During collection of specimens for the exhibition, one new species to North Norway was found. This specimen will be barcoded. NorBOL staff used the opportunity to talk to visitors about DNA barcoding, the work that they do and how mushrooms are preserved and stored in the scientific collections at the museum. So far, NorBOL har received more than 120 species from the area of Tromsø, with great help from the Mushroom Society.

    We hope that the last to check-point dates (11 and 18 September) will bring in even more specimens, and that we can continue our outreach on DNA-barcoding to the general public. Thanks to the Tromsø Mushroom Society for excellent collaboration!

    Marie K. Føreid Merkel

  • Soppens dag i Tromsø

    Hvert år holder Tromsø soppforening soppkontroller på Tromsø Museum i soppsesongen. De arrangerer også turer for publikum og marker soppens dag. NorBOL har vært med på soppkontrollene som har blitt holdt så langt i år, og etter 3 av 5 kontroller har vi fått inn mange sopparter til DNA strekkoding.

    Sopp fra soppens dagEn av soppene som ble prøvetatt: Hygrocybe cf. pratensis. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    Soppens dag ble holdt søndag 4. september ved Tromsø museum med soppkontroll, utstilling av fersk plukket sopp samt en sopptur i nærområdet. NorBOL var til stedet under hele arrangementet og vi fikk inn ca. 20 nye arter til DNA strekkoding. De fleste kom fra utstillingen som Tromsø soppforening hadde laget og noen ble donert fra publikum.

    Sopputstilling på soppens dagSopputstilling på soppens dag. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

    Under innsamlingen av materialet til Tromsø soppforenings utstilling ble det funnet en ny art for Nord Norge og denne blir nå DNA-stekkodet. Publikum ville gjerne vite mer om NorBOL, alt fra prosjektets mål og prøvetaking til hvordan prøvetatte individer blir oppbevart i Tromsø Museums samlinger. Så langt i sesongen har vi fått inn ca. 120 sopparter og det med stor hjelp fra Tromsø soppforening.

    NorBOL kommer også til å delta på de to siste soppkontrollene (11. og 18. september) og vi håper på å få inn flere arter til strekkoding samt formidle informasjon om NorBOL til publikum. Mange takk til Tromsø soppforening for godt samarbeid!

    Marie K. Føreid Merkel

Translate »