Author: torbjoe

The NorBOL barcode managers

The Norwegian Barcode of Life initiative is now established as a national research infrastructure for DNA barcoding. As part of the project, four barcode managers were employed in the spring 2014. These enthusiastic persons each sit at one of the university museums in Bergen, Oslo, Tromsø and Trondheim and will be regional contacts, coordinators and support in the development of the barcode library of the Norwegian fauna, flora and fungi. We are very pleased to have such good candidates in these positions and look forward to close collaboration! Here are the NorBOL barcode managers:

Aina Mærk Aspaas

Aina has a background in freshwater ecology and has experience with molecular techniques in ecology and systematics. For her MSc-project she worked on benthic invertebrates in sub-alpine streams, focusing on mayflies, stoneflies and caddisflies. She has experience from various barcode projects and BOLD and has been supervising new users at the national workshops on DNA barcoding in 2013 and 2014. Aina will be the regional contact for Central Norway and coordinate the barcoding of freshwater invertebrates and bryophytes in Norway.

Marie Kristine Føreid

Marie is an ecologist who did her Bachelor at the University of Bergen and MSc at the University of Tromsø. Her Master-thesis «Regional phylogeography of a clonal salt marsh species, Puccinellia phryganodes (Poaceae), in Svalbard» was done in collaboration with the University Centre of Svalbard (UNIS). Marie has experience from field work in the Arctic and with AFLP-techniques and has worked on a Clean lab with ancient DNA and multiple extraction techniques. Marie will be the regional contact for northern Norway and in collaboration with Inger Alsos coordinate the barcoding of vascular plants and ascomycetes in Norway.

Katrine Kongshavn

Katrine has worked at the invertebrate department at the University Museum of Bergen since 2009. She has a MSc in biodiversity, evolution and ecology and has been involved in various projects at the museum. Among these are curation of material from the MAREANO-project, african marine benthic invertebrates, Skagerrak and polychaetes from Norwegian waters. The barcoding of marine invertebrates and taxonomically related groups (e.g. terrestrial Annelida and Crustacea) will be coordinated from the University Museum in Bergen. The natural history collections have an active blog that also reports on NorBOL news: https://evertebrat.b.uib.no/

Gunnhild Martinsen

Gunnhild Marthinsen has a PhD in population genetics on birds from the University of Oslo (2007). She has since then worked as DNA-lab technician and DNA barcode coordinator at the Natural History Museum in Oslo. Gunnhild has broad experience in molecular genetic tools and has sequenced COI from many different animal groups. Her research interest has mainly been on speciation and speciation processes. As NorBOL barcode manager at the Natural History Museum in Oslo, Gunnhild will be coordinating DNA barcoding of terrestrial insects, bacidiomycetes. lichens and smaller groups on non-marine invertebrates. She will also be the regional contact for eastern and southern Norway.

October 13, 2014
DNA barcoding of Norwegian bacidiomycetes

The marvellous fungal season of 2014 in southern Norway provided a kick-start to the barcoding of Norwegian bacidiomycetes for the BOLD-library.

Barcoders from the Natural History Museum in Oslo were given the opportunity to join the annual meeting of the Norwegian mycological and useful plants association. The 120 participants shared their findings and their knowledge with us, and 405 species were collected for DNA barcoding at the meeting in Sørmarka, south of Oslo. We are very pleased with this result. Thanks you to all participants!

Text and photo: Gunnhild Marthinsen.

October 13, 2014
DNA-strekkoding av sopp fra høstsopptreff

Den fantastiske sopphøsten i 2014 ga en pangstart på strekkodingen av norske stilksporesopp til BOLD-biblioteket.

Strekkodere fra Naturhistorisk museum i Oslo fikk lov til å være med på Norges sopp- og nyttevekstforbunds høstsopptreff, hvor 120 deltakere delte sine funn og sin kunnskap til våre analyser. Hele 405 arter ble samlet inn på vei til og under treffet i Sørmarka. Dette er vi svært godt fornøyd med!

Tekst og foto: Gunnhild Marthinsen

October 13, 2014
DNA barcoding of fish eggs

In order to manage stocks of freshwater fish in the best possible way, you need to know time and place of spawning. The Freshwater Ecology & Inland Fisheries Laboratory at the Natural History Museum (NHM) in Oslo has collected fish eggs at different places during spring-time in the lower parts of the rivers Nitelva and Leira. The eggs were barcoded at NHM. With the help of the reference library of fresh water fishes, the eggs were determined to be asp, ide and roach. Asp and ide were found in Nitelva and in a side-river to Leira. Eggs of roach were identified from collections later in the season. This will aid the management of these fish species.

Asp. Photo: Henning Pavels. Text: Gunnhild Marthinsen.

October 13, 2014
DNA-strekkoding av fiskeegg

God forvaltning av ferskvannsfisk krever kunnskap om gyteområder og gytetidspunkt. Laboratorium for ferskvannsøkologi og innlandsfiske ved Naturhistorisk museum (NHM) i Oslo har i vår samlet fiskeegg ulike steder i nedre del av Nitelva og Leiravassdraget. Eggene ble strekkodet ved NHM og ved hjelp av referansebiblioteket på ferskvannsfisk kunne eggene bestemmes til asp, vederbuk og mort. Asp og vederbuk ble påvist i Nitelva og en av sideelvene til Leira. Egg av mort ble også påvist senere på våren. Denne informasjonen vil være til god hjelp i forvaltningen av disse fiskeartene.

Asp. Foto: Henning Pavels. Tekst: Gunnhild Marthinsen

October 13, 2014
Barcode managers på plass

NorBOL er nå etablert som nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding. Som en del av prosjektet har det våren 2014 blitt ansatt fire såkalte barcode managers ved universitetsmuseene i Bergen, Oslo, Tromsø og Trondheim. Disse vil være regionale kontaktpunkt, koordineringsansvarlige og støttespillere i den praktiske uviklingen av strekkodebiblioteket over norske arter. Vi i NorBOL er veldig fornøyde med at disse svært gode kandidatene takket ja til stillingene, ønsker alle hjertelig velkomne, og ser frem til nært samarbeid i tiden fremover. Dette er NorBOLs barcode managers:

Aina Mærk Aspaas

Aina har bakgrunn innenfor ferskvannsøkologi, og har erfaring med molekylære teknikker innenfor økologi og systematikk fra studiene. I sin masteravhandling har hun jobbet med bentiske invertebrater i subalpine bekker, med hovedfokus på døgnfluer, steinfluer og vårfluer. Hun har tidligere jobbet med flere forskjellige prosjekter tilknyttet BOLD, i hovedsak på fjærmygg og blomsterfluer, men også maur, mikrosommerfugler og sviknott. I tillegg har hun samarbeidet med Ringve Botaniske hage i forbindelse med innsamling og prøvetaking av plantemateriale fra hagen. Hun har også hatt opplæring av nye brukere i BOLD i forbindelse med NorBOL workshopene i Trondheim i 2013 og 2014. Aina vil være regionalt kontaktpunkt for Midt-Norge og koordinere strekkodingen av ferskvannsinvertebrater og moser i Norge.

Marie Kristine Føreid

Marie er utdannet innen økologi med bachelorgrad fra Universitetet i Bergen og mastergrad fra Universitetet i Tromsø. Masteroppgaven ble gjort i samarbeid mellom UiT og Universitetssenteret på Svalbard (UNIS) med tittelen «Regional phylogeography of a clonal salt marsh species, Puccinellia phryganodes (Poaceae), in Svalbard». Gjennom mastergraden har Marie erfaring med teknikken AFLP samt feltarbeid på Svalbard. Etter endt studie har Marie blant annet fått erfaring med feltarbeid i Nord-Norge, arbeid på Clean lab med ancient DNA og flere ulike DNA ekstraheringsmetoder. Marie vil være kontaktpunkt for Nord-Norge og i samarbeid med Inger Alsos koordinere den nasjonale strekkodingen av karplanter og sekksporesopp.

Katrine Kongshavn

Katrine har arbeidet ved evertebratavdelingen ved Universitetsmuseet i Bergen siden 2009, da hun avsluttet sin mastergrad i biodiversitet, evolusjon og økologi. Hun har siden den gang vært involvert i ulike prosjekter ved museet; først generelt musealt arbeid i forbindelse med flytting av den vitenskapelige delen av samlingene til nye lokaler, mens hun i senere år primært har arbeidet med MAREANO-prosjektet. Hun har vært og er fremdeles involvert i prosjekter på afrikansk bunnfauna, materiale i fra Skagerrak (BIOSKAG) og børstemarkdiversitet i norske farvann (PolyNor). Den marine biodiversiteten er et tema hun fascineres av, og hun gleder seg til å se resultatene av innsatsen som legges inn i NorBOL. Barcodingen av marine evertebrater og taksonomisk beslektede grupper (f. eks. terrestre Annelida og Crustacea) vil bli koordinert i fra Universitetsmuseet i Bergen. Samlingene har en blogg som oppdateres jevnlig, her vil det også komme NorBOL-nyheter: https://evertebrat.b.uib.no/

Gunnhild Martinsen

Gunnhild Marthinsen har en PhD i populasjonsgenetikk på fugl fra Universitetet i Oslo fra 2007. Etter endt doktorgrad har hun jobbet som DNA-labtekniker og DNA strekkode-koordinator ved Naturhistorisk museum i Oslo. Hun har bred bakgrunn i molekylærgenetiske metoder og har jobbet mye med sekvensering av COI hos diverse dyregrupper. Hennes forskningsmessige interesser har ligget innenfor underartsproblematikk og artsdannelse, og det er mest de genetiske metodene og metodeutvikling hun har engasjert seg i. Som NorBOL manager ved Naturhistorisk museum har hun ansvar for koordineringen av DNA strekkoding av terrestriske insekter, stilksporesopper, lav og mindre ikke-marine invertebrater. Videre er hun kontaktpunkt for strekkoding på Østlandsområdet og Agder-fylkene.

August 5, 2014
Hvilket potensial har DNA-strekkoding i kartlegging av arter? – En bacheloroppgave fra HiNT

Som avslutning på sin bachelorgrad i naturforvaltning ved Høgskolen i Nord-Trøndelag våren 2014 har student Mona Saursaunet skrevet en bacheloroppgave om DNA-strekkoding og kartlegging av arter. Oppgaven består av en praktisk og en teoretisk del. Den praktiske delen omhandler prosessene i metodikken DNA-strekkoding med fokus på gruppen fjærmygg (Chironomidae). Dette arbeidet har foregått på NTNU Vitenskapsmuseet med veiledning fra Torbjørn Ekrem og Elisabeth Stur. Den teoretiske delen av oppgaven diskuterer hvilket potensial DNA-strekkoding har som verktøy i norsk kartlegging av arter, særlig med tanke på forvaltning av artene.

Etter endt artikkelsøk og kontakt med parter involvert i kartleggings- og utredningsarbeid, var hovedfunnene fra oppgaven at DNA-strekkoding i norsk kartlegging av arter ser ut til å ha et stort potensial. I midlertid mangler det protokoller som er hensiktsmessig å bruke i slik sammenheng i dag.

Den fullstendige utgaven av bacheloroppgaven kan leses her: Saursaunet 2014.

Mona Saursaunet netter fjærmygg ved Ringvedammen

August 5, 2014
NorBOL photo competition

A quite informal photo competition was held as a runner-up for the NorBOL kick-off meeting on March 10, 2014. The best DNA barcode related image, graphic or montage would decorate the NorBOL main web page for some time. Katrine Kongshavn from the University Museum of Bergen won, but there were several great contributions. Here are the three best:

Nereis pelagica fra Sognefjorden. Foto Katrine Kongshavn

Sample SB_123. Foto Inger G. Alsos

Campylaspis rubicunda (Liljeborg, 1855) (Cumacea). Foto Linn Hagenlund

April 4, 2014
NorBOL fotokonkurranse

Frem mot den offisielle åpningen av NorBOL som nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding 10. mars 2014 ble det avholdt en uhøytidelig fotokonkurranse. Beste DNA strekkkoderelaterte foto, grafikk eller montasje skulle få pryde NorBOLs hovedside en tid fremover. Katrine Kongshavn fra Universitetsmuseet i Bergen leverte det beste bildet, men det var flere gode bidrag. De tre beste vises her.

Nereis pelagica fra Sognefjorden. Foto Katrine Kongshavn

Sample SB_123. Foto Inger G. Alsos

Campylaspis rubicunda (Liljeborg, 1855) (Cumacea). Foto Linn Hagenlund

April 4, 2014
NorBOL blir nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding

I disse dager signeres kontraktene med Norges forskningsråd og Artsdatabanken om videre finansiering av det norske nettverket for DNA-strekkoding for perioden 2014-2018. Alt ligger dermed til rette for at NorBOL kan utvikles til en fullskala nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding de neste fem årene.

Den videre utbyggingen av det åpne biblioteket med DNA strekkoder over norske arter i Barcode of Life Data Systems vil naturlig nok ha et sterkt fokus, men også kompetanse- og nettverksbygging hos NorBOL-partnere vil bli prioritert. Prosjektet ledes fra NTNU Vitenskapsmuseet i Trondheim med hovedsamarbeidspartnere ved Universitetsmuseet i Bergen, Naturhistorisk museum i Oslo, Tromsø museum – Universitetsmuseet og Biodiversity Institute of Ontario i Guelph. Andre norske samarbeidspartnere i NorBOL, spesielt forskningsinstituttene (se her), vil fortsatt være viktige bidragsytere i prosjektet ettersom svært mye av den taksonomiske kompetansen ligger her. Alle NorBOL partnere er invitert til å delta i prosjektets rådgivende gruppe mens noen utvalgte insitusjoner vil utgjøre styringsgruppen.

Prosjektet har en budsjettert total økonomisk ramme på ca. 100 mill. kroner over fem år. Av dette er drøyt 70% estimert egenbidrag fra samarbeidspartnere og andre forskning- og kartleggingsprosjekter. Det resterende beløpet finansieres av Norges forskningsråd (25,6 mill.) og Artsdatabanken (4 mill.) og vil i hovedsak bidra til ansettelse av fire “barcode managers” ved universitetsmuseene, prosjektkoordinering, workshops og delfinansiering av analysekostnader.

Følg med på norbol.org eller @norwbol på Twitter for jevnlige oppdateringer på prosjektet.

February 18, 2014

Translate »