Author: torbjoe

Forrige uke har vi ved Evertebratsamlingen gjennomført årets workshop for nye bidragsytere til NorBOL. Målet med workshopen var å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom BOLD databasen (Barcode of Life Data Systems).

Vi var ca. 15 deltagere, medregnet noen «satellitter» som ikke hadde anledning til å delta fulltid alle dagene. Deltagerne kom i fra BIOFORSK, Havforskningsinstituttet, Helgeland museum, Universitetet i Nordland, UiT Universitetsmuseet, Norsk Institutt for Vannforskning, og Universitetsmuseet i Bergen.

Vi begynte med et par introduksjonforedrag før vi gikk løs på den praktiske biten. Det ble arbeidet med svært ulike organismegrupper; pseudosopp, tanglus og tanglopper, sommerfugler, hoppekreps, børstemark, tifotkreps, marine fisk og soppmygg.

Pseudosopp. Foto: M. Skogen.

De ulike organismegruppene krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet. For eksempel er mange dyr så små at de nærmest må behandles med «kriminaltekniske søk etter DNA-spor». For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte vi derfor forsøksvis å gjøre ekstraksjoner på «hjemmelaben». Håpet var å øke mulighetene for å berge restene av eksoskjelettet som blir igjen når de bløte delene løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning. Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskopiske preparater.

Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang. Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen – så vi er godt fornøyde med innsatsen!

Krabbe til strekkoding.

Fotografering av soppmygg.

There is an open PhD-position in metabarcoding at the Tromsø University Museum. The PhD position will be connected to two ongoing projects. 1) The Norwegian Barcode of Life (NorBOL): Development of DNA barcodes for vascular plants through low coverage shotgun sequencing of genomic DNA and assemblage of whole plastid DNA genomes, nuclear rDNA and large parts of mitochondrial genome. 2) The After Ice DNA Metabarcoding project (see https://en.uit.no/ansatte/inger.g.alsos) explores the occurrence of boreal species at northern latitudes by ancient DNA analyses using the P6 loop of the plastid DNA trnL (UUA) intron. Lake sediments have been collected at key sites for palaeoenvironmental reconstructions in Norway and Svalbard.

The PhD candidate will bridge these projects by developing laboratory and bioinformatic tools to apply shotgun sequencing on the ancient samples. This will provide valuable data which the candidate will use to explore effects of past climate change on e.g. species turnover, dispersal, extinction, and phylogenetic diversity. In both projects, we collaborate with colleges at the University Joseph Fourier in Grenoble, who run similar projects focused on the Alps, and the candidate is expected to spend a 3-6 month research stay there.

See: https://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/110289/phd-candidate-in-metabarcoding-at-tromsoe-university-museum

NTNU Vitenskapsmuseet søker en godt kvalifisert og motivert postdoktor for et prosjekt på miljøstrekkoding av makroinvertebrater i ferskvann. Stillingen er for tre år, fortrinnsvis med oppstart 1. juni, 2015. Prosjektet er finansiert av Norges forskningsråd og Miljødirektoratet og har samarbeidspartnerer i Canada, Tyskland og Norge.

Se Jobbnorge for ytterligere detaljer: https://www.jobbnorge.no/ledige-stillinger/stilling/109370

Under tittelen «Naturens strekkoder» ble DNA-strekkoding vist frem på årets Desembernatt ved Tromsø Museum – Universitetsmuseet.

Den 4. desember ble Desembernatt arrangert for tiende år på rad. Arrangementet fant sted første torsdag i desember og hadde aktiviteter for store og små i utstillingene, foredrag med mer. I år var det rekord med 745 besøkende i løpet av kvelden!

Barcode manager Marie Kristine Føreid sammen med Per Sjögren, Heini Rämä og Inger Kristin Tronstad stod i spissen for en aktivitet som viste hva DNA-strekkoding er samt hvordan man kan bruke DNA-strekkoding i forskningen. I oppgaven «Mysteriejuicen» skulle gjestene smake på en juiceblanding bestående av 2-4 forskjellige sorter for å se om de kunne smake seg fram til hvilke dette var og kontrollere om de hadde rett ved bruk av spesifikke strekkoder.

Gjett hvilken juice det er? Foto: Mari Karlstad.

I tillegg til mysteriejuicen ble det satt opp en mini-utstilling for å vise hvordan vi faktisk arbeider for å få tak i en DNA-strekkode fra en blomstrende plante. Og mange var interessert i prosessen der man går fra å ha et blad til å ha DNA i et lite rør. Dette ble illustrert ved hjelp av eksempler fra et klassisk elevforsøk med ekstraksjon av DNA fra spinat.

Mange nysgjerrige tok turen innom verkstedet vårt og det var en koselig og givende kveld.

Ekstraksjon av DNA. Foto: Per Sjögren.