Aktuelt

Ny art får navn etter strekkodingens far

19/10/2017

I en artikkel nylig publisert i tidsskriftet Insect Systematics and Evolution beskriver Xiaolong Lin, som nylig forsvarte sin PhD-avhandling ved NTNU, hele åtte nye arter for vitenskapen hvorav to er funnet i Norge.

– Det er spesielt gøy å oppdage nye arter fra relativt godt undersøkte områder slik som Norge, sier Lin. – Men, også spennende å finne beslektede nye arter i mitt hjemland Kina.

For å se forskjell på fjærmyggartene må en ta et mikroskop i bruk, men også DNA-strekkoding kan brukes til å skille arter. Paul Hebert, som nylig fikk stående applaus på Starmus-festivalen i Trondheim, er en stor og anerkjent kapasitet innen biomangfoldforskningen og regnes som strekkodingens far.

– Ettersom flere av de nye artene først ble oppdaget gjennom DNA-strekkoding, var det naturlig å gi en av dem navn etter Paul Hebert, forteller Lin. – At denne arten i tillegg var funnet i arktisk Canada, et område Hebert har jobbet mye, var et ekstra pluss.

Tanytarsus heberti, den lille myggen på 2,5 mm fra Churchill og Wapusk nasjonalpark i Manitoba, skiller seg fra sine nærmeste slektninger på sin lyse farge, små detaljer i hannens genitalier og en karakteristisk DNA-strekkode.

Medforfattere og veiledere Elisabeth Stur og Torbjørn Ekrem ved NTNU Vitenskapsmuseet utdyper:

– Xiaolong har gjort en svært grundig og god undersøkelse av denne gruppen fjærmygg. Ikke bare beskriver han nye arter i sin avhandling, men analyserer også deres evolusjonære slektskap og geografiske utbredelse. Det er et stort bidrag til vår kunnskap om en artsrik og viktig insektgruppe i vår natur.

Xiaolong LinDr. Xiaolong Lin etter forsvar av PhD-avhandlingen sin ved NTNU. Foto: Torbjørn Ekrem CC-BY.

Lin, X., Stur, E. og Ekrem, T. 2017. DNA barcodes and morphology support new species in Chironomidae (Diptera). Insect Systematics and Evolution XX:00-00.

Høstsopptreff i Bodø

14/09/2017

Helgen 7-10 september var det fagdag om marine sopper og høstsopptreff i Bodø arrangert av Salten naturlag. Det ble arrangert turer fredag, lørdag og søndag, der totalt 24 forskjellige lokaliteter ble besøkt. NorBOL hadde mulighet til å delta på tur og smale inn sopp i strålende flott vær på fredagen.

PanoramaIkke noe å si på været. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

Det ble samlet inn store mengder sopp og det ble gjort flere interessante funn. NorBOL hadde som slagplan for treffet å få tatt prøve av alle artene som vi ikke har prøve av fra Nordland fra før av. Og vi fikk dermed tak i ca 200 prøver av tilsvarende antall arter. Vi fikk også samlet inn en del larver av soppmygg i løpet av treffet så det ble en fin fangst. Vi er dermed strålende fornøyde med helgen så takk til Salten Naturlag for et flott høstsopptreff, flotte turer, fint sosialt samvær og mange sopp til strekkoding.

Marie K. Føreid Merkel & Gunnhild Marthinsen

Sopp i kurvenSopp i kurven. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

Gunnhild og Marie I feltGunnhild og Marie i felt. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.

Soppens dag på Tromsø museum

05/09/2017

Søndag 3. september var det soppens dag ved Tromsø museum, med sopputstilling, soppkontroll og sopptur. Det var Tromsø soppforening som sto for arrangementet og de hadde plukket inn mange flotte arter til en mangfoldig utstilling av spiselige sopper, ikke-matsopper og giftige sopper.

Arrangementet varte i rundt fire timer og det var mange innom for å få fangsten sin kontrollert, lære mer om sopp, samt plukke opp generelle tips. Mange fikk også med seg litt informasjon om DNA-strekkoding av sopp og soppmygg fra oss i NorBOL.

Det var dekket til langbord ved Tromsø museum 3. september. Foto: Marie Føreid Merkel CC-BY.Det var dekket til langbord ved Tromsø museum 3. september. Foto: Marie Føreid Merkel CC-BY.

Det har tidligere blitt strekkodet en god del av de vanligste artene av sopp fra Nord-Norge, men på soppens dag ble det  funnet 10 nye som vi ikke har strekkodet fra de tre nordligste fylkene fra før. Stor takk til Tromsø soppforening for at NorBOL fikk være med; vi er storfornøyd med de flotte eksemplarene fra utstillingen og sopper som publikum hadde funnet.

Neste helg (7-10. september) er det høstsopptreff og fagdag i Bodø i regi av Salten naturlag. NorBOL skal være med og ta prøver til DNA strekkoding, og vi ser fram til en flott helg sammen med sopp fra nord og soppentusiaster fra hele landet.

Marie Føreid Merkel

Symposium Biodiversity and Humanity

19/05/2017

NTNU Vitenskapsmuseet og Artsdatabanken har den glede å invitere til symposiet Biodiversity and Humanity som arrangeres i forbindelse med Starmus-festivalen i Trondheim. Seks internasjonale kapasiteter, inkludert Nancy Knowlton og Paul Hebert fra festivalens hovedprogram, vil reflektere rundt biologisk mangfold og hvordan vi som mennesker påvirker og blir påvirket av naturen rundt oss. Øvrige foredragsholdere er Tom Gilbert, Maria Capa, Sujeevan Ratnasingham og Hans Stenøien. Se Biodiversity and humanity program 2017 for mer informasjon.

Symposiet er gratis og holdes 22 juni, kl. 09:00 i Akrinn, Sverresgate 12, Trondheim. Arrangementet avsluttes med lunsj og vi ønsker derfor at alle deltakere registrerer seg her: https://ntnu.wufoo.eu/forms/registration-for-biodiversity-and-humanity/.

Samtidig med symposiet vises utstillingen Body Worlds Vital ved Vitenskapsmuseet. Billetter til denne selges separat.

Vi håper å se mange av dere på symposiet!

Beste hilsen,

Torbjørn

Paul Hebert til Starmus

07/03/2017

Hva har Stephen Hawking, Buzz Aldrin, Paul Hebert, Oliver Stone og 10 nobelprisvinnere til felles? De kommer alle til Starmus-festivalen: Life and the Universe i Trondheim 18-23 Juni, 2017!

STARMUS – Life and the Universe

Starmus er en storslått festival, som med sin stjernespekkede liste av foredragsholdere og artister har som mål å øke forståelsen av og gleden ved vitenskap for folk flest. Det er i år fjerde gangen festivalen arrangeres og som tidligere står både astronauter, fysikere, astrofysikere, biologer og artister på talelisten. Programmet utvides stadig, men det er allerede klart at festivalen i Trondheim fort blir en ‘once in a lifetime experience’.

Så, hva kommer ‘strekkodingens far’ Paul Hebert til å snakke om i en slik setting? Kan det bli Planetary Biodiversity Mission? Mikrobiologen Emmanuelle Charpentier, molekylærbiologen Susumu Tonegawa, astrobiologen Nathalie A. Cabrol, marinbiologen Nancy Knowlton og neurobiologene May-Britt og Edvard Moser er andre berømte biologer på programmet.

I tillegg skal tre månespradere konversere om månen og det bortenfor. Det blir garantert også interessant.

moon-and-beyond

DNA-strekkode workshop

17/02/2017

NorBOL arrangerte workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar ved Naturhistorisk museum i Oslo. Elleve deltakere fra Norge, Sverige, Island og Danmark lærte seg prosedyrer for innsending av materiale til strekkoding gjennom NorBOL, og bidro med arter av veps, ferskvannsinsekter, edderkopper, fåbørstemark, fisk, sopp og lav til BOLD databasen.

Et svært vellykket arrangement der mange prøver allerede er på vei til vår samarbeidspartner i Canada for sekvensering.

Gunnhild Marthinsen, NHM

Mari-Darrud_workshopMari Darrud, Veterinærinstituttet klargjør prøver for DNA-strekkoding. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.

Hva skal Artsprosjektet inneholde?

02/12/2016

Det var en fornøyelse å delta på Artsdatabankens lansering av ”Kunnskapsstatus for artsmangfoldet i Norge 2015” på Tøyen hovedgård forrige uke. En grundig rapport basert på artskunnskapen til 60 spesialister ble presentert på en profesjonell og informativ måte. Det kom tydelig fram at dette garantert er den beste oversikten vi har hatt over artsmangfoldet i Norge noen gang. Jeg tør våge påstanden at vi aldri ville vært der vi er uten Artsprosjektet og at analysen av kjent og ukjent diversitet har blitt mer presis gjennom bruk av DNA-strekkoding og satsningen til Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL). Toget har helt klart vært på rett spor.

estimert-antall-uoppdagede-arter-i-norgeEt resultat fra rapporten. Estimert antall uoppdagete arter i Norge. Artsdatabanken CC-BY.

Så hva bør Artsprosjektet inneholde i fremtiden? Det ble antydet både fra talerstolen og fra salen at Artsprosjektet bør finansiere økologiske studier av bedre kjente arter fordi dette vil gi viktig informasjon til rødlistevurderinger og et bedre grunnlag for forvaltningen av artsmangfoldet. Etter min vurdering er dette feilslått strategi. Slike studier har andre kilder til finansiering, noe også Kristin Thorsrud Teien fra Klima og miljødepartementet antydet i sitt innlegg. Oppdagelse og beskrivelse av artsmangfold gir oss grunnleggende kunnskap om alt vi vet om naturen. Det er basal kunnskap som per i dag ikke har annen kilde til ekstern finansiering enn Artsprosjektet.

NorBOL har hatt svært stor glede og nytte av samarbeidet med Artsprosjektet. Vi har ikke bare fått muligheten til å inkludere referansedata for alle mulige artsgrupper i en åpen og tilgjengelig nasjonal forskningsinfrastruktur, men også fått bidra til å øke kompetansen på analyse og forståelse av genetisk diversitet hos våre samarbeidspartnere. DNA-strekkoding har bidratt til oppdagelse av ukjente arter, økt forståelse for kompleksiteten i ulike økosystemer og lagt til rette for nye forskningsprosjekter der molekylære verktøy benyttes til identifisering. Samarbeidet med kartleggingsprosjekt i Artsprosjektet har vært utslagsgivende for at vi i dag har nesten 12 000 arter fra Norge i det internasjonale strekkodebiblioteket.

Jeg håper at Artsprosjektet vil følge sporet som tidligere er lagt og jobbe for oppdagelse av arter til forskning og forvaltning av norsk natur. Som rapporten slo fast er det fremdeles mye å oppdage, beskrive og kartlegge både på lands og til vanns. Artsprosjektet er et fantastisk instrument til å lappe kunnskapshullene vi har om lite kjente organismegrupper, og noe vi er stolte av internasjonalt. NorBOL ser frem til videre samarbeid om dokumentasjon av artsmangfoldet, både gjennom strekkoder og referanseobjekter i vitenskapelige samlinger.

Torbjørn Ekrem

Koordinator NorBOL

DNAqua-Net: En COST-aksjon for utvikling av genetiske verktøy til undersøkelse av akvatiske økosystem

01/11/2016

dnaqua_net-logo

Vann er en uerstattelig naturlig ressurs som samtidig er sterkt påvirket av menneskelig aktivitet. Ferskvann er hjem til nærmere 100 000 arter, nesten 6% av det kjente artsmangfoldet på kloden. Mange av disse artene har spesifikke krav til miljøet de lever i og er gode indikatorer for vannkvalitet og forurensning. Allikevel blir en stor del av artsgruppene ikke vurdert i kartlegging og overvåkning av ferskvann fordi de er vanskelige og tidkrevende å identifisere på ytre kjennetegn. Nye avlesningsteknikker for DNA muliggjør storstilt DNA-sekvensering av miljøprøver og kan revolusjonere måten vi vurderer og overvåker mangfoldet i ferskvann. Miljøstrekkoding, som dette kalles, vil dermed bli et viktig verktøy for Norges og andre europeiske lands oppfølging av EUs Vanndirektiv. DNAqua-Net har som mål å samle Europeiske forskningsmiljø for å etablere felles europeiske standarder for bruk av genomikk-verktøy i analyse og overvåkning av biologisk mangfold i ferskvann. Nettverket vil også utvikle en plattform for trening av neste generasjons forskere innenfor dette fagområdet.

Det første oppstartsmøte for DNAqua-Net ble holdt i COST sine lokaler i Brussel 20. oktober, 2016. Her ble aksjonen formelt godkjent og ledere for nettverket og deres arbeidsgrupper valgt. Så langt er 31 land tilknyttet aksjonen, med representanter i management committee oppnevnt av nasjonale COST-koordinatorer. Norges representanter er Trude Vrålstad (Veterinærinstituttet) og Torbjørn Ekrem (NTNU Vitenskapsmuseet). Aksjonens første konferanse skal holdes i Essen, Tyskland, 6-8 mars, 2017, med påfølgende møter i de fem arbeidsgruppene (ledere i parentes):

  • DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
  • Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
  • Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
  • Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
  • Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)

participants-dnaqua-net-meeting-brusselsDeltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.

Velkommen til workshop i DNA-strekkoding

31/10/2016

NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.

Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Gunnhild Marthinsen

NorBOL på Forskningstorget i Oslo

30/09/2016

Naturhistorisk museum i Oslo og NorBOL deltok på Forskningstorget i Oslo 23-24. september 2016 hvor vi formidlet problematikk rundt biologiske, morfologiske og «genetiske» arter. Femten hundre shotsglass med juice ble delt ut, og folk fikk prøve å smake seg til hvilke tre frukter juicen bestod av. Til hjelp hadde de «strekkodene» til de tre fruktene, og et bibliotek over frukt-strekkoder. Dermed lærte mange at DNA strekkoding kan brukes til bestemmelse av ingredienser i matvarer.

Gunnhild med juicenGunnhild Marthinsen serverer ukjent juice på Forskningstorget. Foto Dag Inge Danielsen CC-BY.

juice-testingPhD-student Sonja Kistenich viser hvordan DNA-strekkoding fungerer. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.

Gunnhild