Aktuelt

Åpen dag på botanisk i Tromsø

18/10/2019

I forbindelse med forskingsdagene hadde vi åpen dag på botanisk avdeling ved Norges arktiske universitetsmuseum (Tromsø Museum) søndag 29 september. Her hadde vi aktiviteter for besøkende i alle aldre.

Det var mulig å ta en titt inn i de botaniske samlingene, hjelpe til å montere herbariebelegg og lære hvordan vi gjør dette. Se på pollen fra honning i mikroskop, teste seg på den praktiske formidlingen av DNA metabarcoding med aktiviteten «mysterie juicen» og det var mulig å lage urte såper med urter som kan vokse her oppe i Nord. Samt vi hadde presentasjon av hvordan en «Terrrestrial laser skanner» virker.

MysteriejuicenHva består mysteriejuicen av? Foto Karen Marie Christensen.

Ved å ha en slik åpen dag fikk vi formidlet til de over 100 besøkende den forskningen vi holder på med, og viktigheten av det å ha og ta vare på samlinger samt hvordan dette kan brukes i forskning ved f.eks det å bygge opp et referanse bibliotek samt hvordan dette kan brukes videre ved aktiviteten «mysterie juicen»

Dette var en spennende dag som vi er godt fornøyde med.

Marie Kristine Føreid Merkel

DNA-strekkoding av egg og larver rundt Sri Lanka og ved Myanmar

17/10/2019

plankton-nets-KrafftPlankton-nett på vei inn. Foto Bjørn Krafft (c).

Havforskningsinstituttet har en stor virksomhet rundt Afrika og opp til områdene rundt Sri Lanka og utenfor Myanmar (EAF-Nansen programmet). Her blir det blant annet samlet inn egg og larver som blir identifisering ved hjelp av DNA-strekkoding. Dette arbeidet har nettopp startet opp (våren 2019), men allerede nå er det identifisert over 150 arter og 2 arter som ikke tidligere er registrert i farvannet rundt Sri Lanka. Arbeidet utenfor Myanmar er bare i sin spede begynnelse med noen enkel egg prøver, men vil etter planen bli utvidet i 2020. Utfordringen med DNA-strekkodings arbeid i disse områdene er sannsynligvis en noe mangelfull database og dette er noe som vi må ha i tankene under arbeidet – skaffe oss prøver av voksne individ for verifisering og oppdatering av databasene. Kontaktpersoner: Padmini Dalpadado, Stamatina Isari.

Geir Dahle, Havforskningsinstituttet

DNA-strekkoding av egg og larver i Nordsjøen

17/10/2019

collection-plankton-net_Krafft Innsamling av plankton-nett. Foto Bjørn Krafft (c).

Havforskningsinstituttet har på oppdrag av Equinor Energy AS, Conoco Philips Scandinavia AS og Aker BP ASA analysert innsamlede egg og larver fra tre områder i Nordsjøen. Prosjektet ble iverksatt for om mulig å identifisere gyteområder for de økonomisk viktigste fiske artene i dette området med tanke på mulig seismiske aktivitet, men dataene som blir generert gir oss samtidig mye ny og oppdatert vitenskapelig kunnskap både om gyteområde og gytetidspunkt for ulike arter i Nordsjøen. Ved å sammenligne data fra tidligere survey i Nordsjøen og tilstøtende havområder kan dataene også brukes til å se på trender i  vandringsmønster hos ulike arter, viktig kunnskap i forvaltningen av Nordsjøen. Til nå er det samlet inn over 2500 egg og larver som er identifisert til art v.h.a. DNA-strekkoding. Av de 141 fiskeartene som er kjent i Nordsjøen har vi til nå kunnet registrere 31 arter. Prosjektet er planlagt å avsluttes i august 2020. Kontaktperson: Bjørn Krafft

Geir Dahle, Havforskningsinstituttet

NorBOL workshop i Trondheim

20/09/2019

NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 3.-5. desember 2019. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.

Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 8. november 2019. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 1. november for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Aina Mærk Aspaas og Torbjørn Ekrem

ForBio & STI kurs: DNA-strekkoding – fra sekvenser til arter

08/08/2019

ForBio og det svenske Artprojektet inviterer søkere til kurs om DNA-strekkoding. Kurset holdes på NTNUs feltstasjon Sletvik, ca. to timers kjøring fra Trondheim.

Målgrupper: PhD studenter, masterstudenter, postdocs, forskere, rådgivere og naturforvaltere med relevant bakgrunn i biologi.
Registreringsfrist: 1. september, 2019
Se ForBios nettside for ytterligere informasjon om kurset og registrering.

NorBOLs fremtid

15/01/2019

 

Mange har fått med seg at Forskningsrådets finansiering av NorBOL ender i første halvdel av 2019. Selv om det kan medføre redusert aktivitet på noen områder, vil NorBOL bestå som en nasjonal infrastruktur for DNA-strekkoding, og fremdeles være en aktiv partner for videre bygging av referansebiblioteket for norsk biodiversitet. I samarbeidet med Artsprosjektet vil vi for eksempel fremdeles stå for strekkodingen av arter fra kartleggingsprosjektene, arrangere workshops, og ellers bistå med kompetanse (akkurat som tidligere). Vi jobber med å finne finansiering til å ferdigstille og vedlikeholde vårt strekkode-bibliotek, og håper å kunne bringe gode nyheter i løpet 2019. Nyheten om at Finland finansierer strekkoding som en del av FinBIF er i så måte inspirerende for det videre arbeidet!

Beste hilsen

Torbjørn

Desembernatt på Tromsø Museum

19/12/2018

I tradisjonen tro var det desembernatt på Tromsø Museum torsdag 6. desember. Under dette arrangementet, som holdes første torsdag i desember hvert år, er det mulig å komme inn i museets magasiner, delta på forskjellige verksteder, og være med på aktiviteter knyttet til forskingen ved Tromsø Museum.

NorBOL og Ecogen slo seg sammen og hadde felles aktiviteter for barn og voksne. Slik kunne deltakerne følge hele prosessen fra en innsamlet plante blir samlet og montert (aktivitet ved de samlingsansvarlige for karplantemagaisnet), til den får en DNA barcode, og blir brukt som referanse i forskningen. Plantenes «reise» i museet var fordelt på fire aktiviteter som alle var veldig populære.

desembernatt-2018_flaateFeltassistenter i full gang med prøvetaking av sedimentkjerner. Foto Marie Kristine Føreid Merkel CC-BY.

NorBOL viste bruken av referansebiblioteket, og hvordan DNA informasjon i en sedimentkjerne (samlet inn av Ecogen på Kulivatnet) kunne benyttes til å identifisere arter tilbake i tid. Barna startet på platformen som brukes til å hente kjerner, og prøvde seg som feltassistenter, før de fikk kjenne på denne ekte sedimentkjernen og leke at de tok en prøve som de analyserte. De kunne velge om de ville bruke en plantemarkør eller en dyremarkør og trakk så opp en DNA sekvens som de måtte sammenligne med kjente sekvenser i databasen. Da den riktige sekvensen var funnet, kunne de lage arten den tilhører med piperensere. Det var mange dyr og planter som ble produsert, og noen av barna kom innom aktiviteten flere ganger i løpet av kvelden.

desembernatt-2018_dyrGode hjelpere, Professor Tony Brown og postdoc Daniel Fallu, på piperenserstasjonen. Foto Maria Kristine Føreid Merkel CC-BY.

Det virket som om flere forsto at det kunne være enklere å identifisere planter og dyr ved hjelp av DNA enn basert på utseende av de makrofossilene som barna trakk opp fra sedimentkjernen på bordet. – Og slik er det jo ofte i virkeligheten også!

Marie Kristine Føreid Merkel

Kjendis-soppen i Tromsø får DNA-strekkode

31/10/2018

I 2016 ble det, takket være en observant soppkjenner, oppdaget en ganske sjelden sopp rett ved et veldig trafikkert kryss i Tromsø sentrum. Dette viste seg å være Agaricus sipapuensis, og soppen i Tromsø er det eneste funnet i Norge. Faktisk nesten i hele verden, for det eneste andre kjente stedet denne arten er funnet på er Sipapu Ski Resort i New Mexico, 2000 m.o.h.

kjendis soppen 2Kjendis-soppen i sitt «naturlige» habitat. Foto Unni R. Bjerke Gamst (c).

I 2018 skulle veien ved soppens levested i Tromsø bygges ut, og soppens liv var i fare. Men en redningsoperasjon ble satt i gang, og med stor innsatsvilje ble mycelet flyttet til Tromsø botanisk hage. Det blir nå spennende å se om soppen overlever flyttingen og trives i sitt nye hjem.

Vi på Tromsø museum – Universitetsmuseet har noen få fruktlegemer av denne soppen i vår samling. Disse blir nå DNA-strekkodet gjennom NorBOL.

kjendis soppenSlik ser den altså ut, kjendis-soppen. Foto Unni R. Bjerke Gamst (c).

Det er skrevet to artikler om dette funnet av soppen i lokalpressen, og artikkelen knyttet til flyttingen av mycelet kan man lase her: Unni fryktet den sjeldne soppen skulle forsvinne for godt. Så fikk hun en gledelig nyhet.

Marie Kristine Føreid Merkel

DNA-strekkodekurs ved Baikalsjøen

19/09/2018

lake-baikalBaikalsjøen. Foto: T. Ekrem CC-BY 4.0.

Deling av biodiversitetsdata er stadig viktigere for både forskning og forvaltning. Informasjon om arters forekomster, DNA-sekvenser og økologi kan utnyttes i mye større grad om den er lett tilgjengelig, men å sette sammen og dele slik informasjon fra ulike kilder er ikke alltid like lett. Dette var derfor tema for ForBio (Forskerskolen i biosystematikk) sitt kurs Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, som ble avholdt i Naratey, på vestbredden av Baikalsjøen 14-20. september 2018.

Sammen med  Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio, og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) bidro NorBOL i undervisningen av norske og russiske studenter i datamobilisering. Kurset ble finansiert av Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), GBIF og ForBio.

Group_photo-baikalStudenter og undervisere på kurset ved Baikalsjøen. Foto: Dimitry Schigel CC-BY-SA 4.0.

Seksten entusiastiske og kunnskapsrike studenter har i løpet av en uke deltatt på foredrag og praktiske øvelser i 20 ulike moduler. Strekkode-biten av kurset inkluderte teori og praksis for både produsenter og brukere av DNA-strekkodedata. Det var fokus på bruk av BOLD, og studentene fikk prøve seg på ulike oppgaver med datasøk, opplasting av metadata og sekvenser, samt bruke ulike analyseverktøy. Dette var nytt stoff for de fleste, men de fant raskt løsninger og samarbeidet på imponerende vis.

bold-practiceEntusiastiske deltakere som jobber med BOLD Systems. Foto T. Ekrem CC-BY 4.0.

Videre ble det gitt en innføring i molekylærsystematikk og programvaren MEGA, og studentene brukte dette til å dykke ned i litt mer avanserte metoder for analyse av genetiske data. Hvordan kan man rekonstruere organismers slektskap? Hva er forskjellen mellom ulike måter å konstruere slektskapstrær på? Hvorfor trenger vi substitusjonsmodeller?

Kurset avsluttet med studentenes presentasjoner av «The Baikal Biodiversity Challenge». I denne oppgaven, som har løpt som en rød tråd gjennom hele kurset, skulle studentene designe et prosjekt for å kartlegge mangfoldet til en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette måtte de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen. Imponerende innsats og gode presentasjoner.

Takk til alle arrangørene, og BOLDs support team i Canada som var til stor hjelp. Takk går naturligvis også til alle studenter og lærere for en flott og lærerik uke!

baikal-selfie-largeHappy barcoders med #mydnabarcode skjerf. Foto: Laura Russell CC-BY-SA 4.0.

Ny workshop på DNA-strekkoding

24/08/2018

NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 17.-19. oktober 2018. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.

Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 1. oktober 2018. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 10. september for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Aina Mærk Aspaas og Torbjørn Ekrem