Author Archive

Hva skal Artsprosjektet inneholde?

Det var en fornøyelse å delta på Artsdatabankens lansering av ”Kunnskapsstatus for artsmangfoldet i Norge 2015” på Tøyen hovedgård forrige uke. En grundig rapport basert på artskunnskapen til 60 spesialister ble presentert på en profesjonell og informativ måte. Det kom tydelig fram at dette garantert er den beste oversikten vi har hatt over artsmangfoldet i Norge noen gang. Jeg tør våge påstanden at vi aldri ville vært der vi er uten Artsprosjektet og at analysen av kjent og ukjent diversitet har blitt mer presis gjennom bruk av DNA-strekkoding og satsningen til Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL). Toget har helt klart vært på rett spor.

estimert-antall-uoppdagede-arter-i-norgeEt resultat fra rapporten. Estimert antall uoppdagete arter i Norge. Artsdatabanken CC-BY.

Så hva bør Artsprosjektet inneholde i fremtiden? Det ble antydet både fra talerstolen og fra salen at Artsprosjektet bør finansiere økologiske studier av bedre kjente arter fordi dette vil gi viktig informasjon til rødlistevurderinger og et bedre grunnlag for forvaltningen av artsmangfoldet. Etter min vurdering er dette feilslått strategi. Slike studier har andre kilder til finansiering, noe også Kristin Thorsrud Teien fra Klima og miljødepartementet antydet i sitt innlegg. Oppdagelse og beskrivelse av artsmangfold gir oss grunnleggende kunnskap om alt vi vet om naturen. Det er basal kunnskap som per i dag ikke har annen kilde til ekstern finansiering enn Artsprosjektet.

NorBOL har hatt svært stor glede og nytte av samarbeidet med Artsprosjektet. Vi har ikke bare fått muligheten til å inkludere referansedata for alle mulige artsgrupper i en åpen og tilgjengelig nasjonal forskningsinfrastruktur, men også fått bidra til å øke kompetansen på analyse og forståelse av genetisk diversitet hos våre samarbeidspartnere. DNA-strekkoding har bidratt til oppdagelse av ukjente arter, økt forståelse for kompleksiteten i ulike økosystemer og lagt til rette for nye forskningsprosjekter der molekylære verktøy benyttes til identifisering. Samarbeidet med kartleggingsprosjekt i Artsprosjektet har vært utslagsgivende for at vi i dag har nesten 12 000 arter fra Norge i det internasjonale strekkodebiblioteket.

Jeg håper at Artsprosjektet vil følge sporet som tidligere er lagt og jobbe for oppdagelse av arter til forskning og forvaltning av norsk natur. Som rapporten slo fast er det fremdeles mye å oppdage, beskrive og kartlegge både på lands og til vanns. Artsprosjektet er et fantastisk instrument til å lappe kunnskapshullene vi har om lite kjente organismegrupper, og noe vi er stolte av internasjonalt. NorBOL ser frem til videre samarbeid om dokumentasjon av artsmangfoldet, både gjennom strekkoder og referanseobjekter i vitenskapelige samlinger.

Torbjørn Ekrem

Koordinator NorBOL

DNAqua-Net: En COST-aksjon for utvikling av genetiske verktøy til undersøkelse av akvatiske økosystem

dnaqua_net-logo

Vann er en uerstattelig naturlig ressurs som samtidig er sterkt påvirket av menneskelig aktivitet. Ferskvann er hjem til nærmere 100 000 arter, nesten 6% av det kjente artsmangfoldet på kloden. Mange av disse artene har spesifikke krav til miljøet de lever i og er gode indikatorer for vannkvalitet og forurensning. Allikevel blir en stor del av artsgruppene ikke vurdert i kartlegging og overvåkning av ferskvann fordi de er vanskelige og tidkrevende å identifisere på ytre kjennetegn. Nye avlesningsteknikker for DNA muliggjør storstilt DNA-sekvensering av miljøprøver og kan revolusjonere måten vi vurderer og overvåker mangfoldet i ferskvann. Miljøstrekkoding, som dette kalles, vil dermed bli et viktig verktøy for Norges og andre europeiske lands oppfølging av EUs Vanndirektiv. DNAqua-Net har som mål å samle Europeiske forskningsmiljø for å etablere felles europeiske standarder for bruk av genomikk-verktøy i analyse og overvåkning av biologisk mangfold i ferskvann. Nettverket vil også utvikle en plattform for trening av neste generasjons forskere innenfor dette fagområdet.

Det første oppstartsmøte for DNAqua-Net ble holdt i COST sine lokaler i Brussel 20. oktober, 2016. Her ble aksjonen formelt godkjent og ledere for nettverket og deres arbeidsgrupper valgt. Så langt er 31 land tilknyttet aksjonen, med representanter i management committee oppnevnt av nasjonale COST-koordinatorer. Norges representanter er Trude Vrålstad (Veterinærinstituttet) og Torbjørn Ekrem (NTNU Vitenskapsmuseet). Aksjonens første konferanse skal holdes i Essen, Tyskland, 6-8 mars, 2017, med påfølgende møter i de fem arbeidsgruppene (ledere i parentes):

  • DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
  • Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
  • Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
  • Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
  • Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)

participants-dnaqua-net-meeting-brusselsDeltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.

Velkommen til workshop i DNA-strekkoding

NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.

Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Gunnhild Marthinsen

NorBOL på Forskningstorget i Oslo

Naturhistorisk museum i Oslo og NorBOL deltok på Forskningstorget i Oslo 23-24. september 2016 hvor vi formidlet problematikk rundt biologiske, morfologiske og «genetiske» arter. Femten hundre shotsglass med juice ble delt ut, og folk fikk prøve å smake seg til hvilke tre frukter juicen bestod av. Til hjelp hadde de «strekkodene» til de tre fruktene, og et bibliotek over frukt-strekkoder. Dermed lærte mange at DNA strekkoding kan brukes til bestemmelse av ingredienser i matvarer.

Gunnhild med juicenGunnhild Marthinsen serverer ukjent juice på Forskningstorget. Foto Dag Inge Danielsen CC-BY.

juice-testingPhD-student Sonja Kistenich viser hvordan DNA-strekkoding fungerer. Foto Gunnhild Marthinsen CC-BY.

Gunnhild

NorBOL på ungdommens forskernatt ved NTNU

Fredag 23. september var det igjen tid for Researchers’ Night – ungdommens forskernatt i Realfagbygget på NTNU. I år som tidligere var det svært stor interesse fra skoler som ville delta og over 1100 elever fra videregående skole trålet gjennom stands, forelesninger og laboratoriebesøk i løpet av de fire timene arrangementet varte. NorBOL stilte med stand om DNA strekkoding og LifeScanner.

NorBOL at RNXiaolong og Aina ønsker velkommen til NorBOLs stand på Researchers’ Night 2016. Foto Torbjørn Ekrem CC-BY.

Hos oss fikk elever og lærere få prøve seg på praktisk DNA-strekkoding: DNA-sekvenser fra ukjente byttedyr i en gulpebolle ble sammenlignet visuelt med kjente sekvenser i et lite referansebibliotek. Oppgaven var ikke nødvendigvis veldig lett og skapte stort engasjement. Som premie for utført oppgave fikk elevene klistremerker med #mydnabarcode.

Referansebibliotek RNTorbjørn forklarer hvordan DNA-strekkoding virker. Foto Xiaolong Lin CC-BY.

Stor aktivitet på NorBOLs stand. Video Torbjørn Ekrem CC-BY.

Mange takk til Aina, Erik og Xiaolong som gjorde en glimrende innsats i forberedelse og gjennomføring av vår stand!

Torbjørn

Soppens dag i Tromsø

Hvert år holder Tromsø soppforening soppkontroller på Tromsø Museum i soppsesongen. De arrangerer også turer for publikum og marker soppens dag. NorBOL har vært med på soppkontrollene som har blitt holdt så langt i år, og etter 3 av 5 kontroller har vi fått inn mange sopparter til DNA strekkoding.

Sopp fra soppens dagEn av soppene som ble prøvetatt: Hygrocybe cf. pratensis. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

Soppens dag ble holdt søndag 4. september ved Tromsø museum med soppkontroll, utstilling av fersk plukket sopp samt en sopptur i nærområdet. NorBOL var til stedet under hele arrangementet og vi fikk inn ca. 20 nye arter til DNA strekkoding. De fleste kom fra utstillingen som Tromsø soppforening hadde laget og noen ble donert fra publikum.

Sopputstilling på soppens dagSopputstilling på soppens dag. Foto Marie K. Føreid Merkel CC-BY.

Under innsamlingen av materialet til Tromsø soppforenings utstilling ble det funnet en ny art for Nord Norge og denne blir nå DNA-stekkodet. Publikum ville gjerne vite mer om NorBOL, alt fra prosjektets mål og prøvetaking til hvordan prøvetatte individer blir oppbevart i Tromsø Museums samlinger. Så langt i sesongen har vi fått inn ca. 120 sopparter og det med stor hjelp fra Tromsø soppforening.

NorBOL kommer også til å delta på de to siste soppkontrollene (11. og 18. september) og vi håper på å få inn flere arter til strekkoding samt formidle informasjon om NorBOL til publikum. Mange takk til Tromsø soppforening for godt samarbeid!

Marie K. Føreid Merkel

Barcode of Life konferanse til Kruger nasjonalpark

Se for deg dette: Du våkner før solen har stått opp, finner guiden og drar ut på dagens «morning drive» for å se elefanter, løver og nesehorn i soloppgangen. Du kommer tilbake, får servert en bedre frokost og kommer akkurat tidsnok til første plenumsforedrag om miljøstrekkoding av nordamerikanske våtmarker. Drømmen kan bli virkelighet før du aner det: Den syvende Barcode of Life konferansen skal holdes i Kruger nasjonalpark, Sør-Afrika, 20-24 november 2017.

Photo: T. Ekrem CC-BYElephants in South Africa. Foto Torbjørn Ekrem CC-NC-SA.

De internasjonale konferansene på DNA-strekkoding har blitt arrangert hvert andre år siden 2005 (i London) og siden da bare økt i størrelse og omfang. Deltakerne kommer fra alle verdenshjørner og presenterer sin forskning, undervisning og formidling. Alle aspekter rundt DNA-strekkoding og metabarcoding er med, og presentasjonene kan omfatte alt fra metodeutvikling og taksonomi til citizen science, anvendt økologi og naturforvaltning. Forrige møte i Guelph (2015) hadde 600 deltakere fra 60 land og markerte det foreløpige høydepunktet i konferanserekken. Det spørs om ikke neste års event blir enda en ny høydare.

Det arbeides fremdeles med konferansens faglige program, men flere inviterte foredragsholdere har allerede akseptert og hovedtema for møtet er «Exploring mega-diverse biotas with DNA barcodes». Påmeldingen åpnes 1. desermber 2016 og ender 1. november 2017. Med plass til rundt 700 personer i den største foredragssalen blir det kanskje ikke fullbooket første uka, men muligens er det lurt å være tidlig ute med påmeldingen likevel?

Vi sees i Kruger!

Vinner av NorBOLs fotokonkurranse

Vi gratulerer Prof. Henrik Glenner ved Institutt for biologi, Universitetet i Bergen som vinner av NorBOLs fotokonkurranse! Bildet vil pryde forsiden på norbol.org og krus og skjerf er på vei i posten.

Semibalanus_settlement_barcode-webKoloni av Semibalanus balanoides med nylig bunnslåtte larver og DNA strekkode. Foto: Henrik Glenner CC-BY.

Halvveis til målet

Gratulerer til NorBOL med 10 000 arter! Vi er nå halvveis til målet om å DNA strekkode 20 000 arter fra Norge. Begivenheten ble feiret på NorBOLs styringsmøte i mars og markert med artikkel i Gemini og forskning.no. Gratulerer til alle involverte!

NorBOL-cakeFoto: Torbjørn Ekrem, grafisk utforming: Elin Sandbakk, NTNU Vitenskapsmuseet. CC-BY.

Skoleelever kartlegger insekter i Botanisk hage i Oslo

NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo har i vinter samarbeidet med en biologiklasse ved Hersleb videregående skole om å kartlegge insektmangfoldet i Botanisk hage.

Malaisefelle bot hageMalaisefellen i Botanisk hage, Oslo. Foto Gunnhild Marthinsen (CC-BY).

I august satte elevene opp en Malaisefelle i hagen og tømte den senere, før turen gikk til laboratoriet der insektene ble sortert til det elevene trodde var ulike arter basert på utseende. Ett hundre og femti dyr ble prøvetatt og sendt til Canada for sekvensering.

Elevene skal nå sammenligne sekvensresultatene med sine egne bestemmelser.

sortering-labIvrige elever sorterer insekter fra Malaisefellen. Foto Gunnhild Marthinsen (c).

Gjennom prosjektet lærer elevene om artsmangfold og DNA-analyser. De får demonstrert hvor vanskelig det er å bestemme arter utfra utseende, særlig når man ikke er ekspert, og at DNA-strekkoding fungerer godt både til å identifisere arter og til å gi en oversikt over artsmangfoldet.

Prosjektet avslørte et høyt artsmangfold av tovinger og årevinger i Botanisk hage; ca 80 arter ble funnet blant de 150 prøvene som ble sendt inn. Blant artene som ble fanget var det også et par sjeldenheter som bare er kjent fra et fåtall lokaliteter i Norge; én av artene kan til og med vise seg å være ny for landet.

Gunnhild Marthinsen, NHM