Kompetansebygging

NorBOL workshop i Trondheim

NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 3.-5. desember 2019. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.

Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 8. november 2019. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 1. november for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Aina Mærk Aspaas og Torbjørn Ekrem

ForBio & STI kurs: DNA-strekkoding – fra sekvenser til arter

ForBio og det svenske Artprojektet inviterer søkere til kurs om DNA-strekkoding. Kurset holdes på NTNUs feltstasjon Sletvik, ca. to timers kjøring fra Trondheim.

Målgrupper: PhD studenter, masterstudenter, postdocs, forskere, rådgivere og naturforvaltere med relevant bakgrunn i biologi.
Registreringsfrist: 1. september, 2019
Se ForBios nettside for ytterligere informasjon om kurset og registrering.

NorBOLs fremtid

 

Mange har fått med seg at Forskningsrådets finansiering av NorBOL ender i første halvdel av 2019. Selv om det kan medføre redusert aktivitet på noen områder, vil NorBOL bestå som en nasjonal infrastruktur for DNA-strekkoding, og fremdeles være en aktiv partner for videre bygging av referansebiblioteket for norsk biodiversitet. I samarbeidet med Artsprosjektet vil vi for eksempel fremdeles stå for strekkodingen av arter fra kartleggingsprosjektene, arrangere workshops, og ellers bistå med kompetanse (akkurat som tidligere). Vi jobber med å finne finansiering til å ferdigstille og vedlikeholde vårt strekkode-bibliotek, og håper å kunne bringe gode nyheter i løpet 2019. Nyheten om at Finland finansierer strekkoding som en del av FinBIF er i så måte inspirerende for det videre arbeidet!

Beste hilsen

Torbjørn

DNA-strekkodekurs ved Baikalsjøen

lake-baikalBaikalsjøen. Foto: T. Ekrem CC-BY 4.0.

Deling av biodiversitetsdata er stadig viktigere for både forskning og forvaltning. Informasjon om arters forekomster, DNA-sekvenser og økologi kan utnyttes i mye større grad om den er lett tilgjengelig, men å sette sammen og dele slik informasjon fra ulike kilder er ikke alltid like lett. Dette var derfor tema for ForBio (Forskerskolen i biosystematikk) sitt kurs Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, som ble avholdt i Naratey, på vestbredden av Baikalsjøen 14-20. september 2018.

Sammen med  Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio, og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) bidro NorBOL i undervisningen av norske og russiske studenter i datamobilisering. Kurset ble finansiert av Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), GBIF og ForBio.

Group_photo-baikalStudenter og undervisere på kurset ved Baikalsjøen. Foto: Dimitry Schigel CC-BY-SA 4.0.

Seksten entusiastiske og kunnskapsrike studenter har i løpet av en uke deltatt på foredrag og praktiske øvelser i 20 ulike moduler. Strekkode-biten av kurset inkluderte teori og praksis for både produsenter og brukere av DNA-strekkodedata. Det var fokus på bruk av BOLD, og studentene fikk prøve seg på ulike oppgaver med datasøk, opplasting av metadata og sekvenser, samt bruke ulike analyseverktøy. Dette var nytt stoff for de fleste, men de fant raskt løsninger og samarbeidet på imponerende vis.

bold-practiceEntusiastiske deltakere som jobber med BOLD Systems. Foto T. Ekrem CC-BY 4.0.

Videre ble det gitt en innføring i molekylærsystematikk og programvaren MEGA, og studentene brukte dette til å dykke ned i litt mer avanserte metoder for analyse av genetiske data. Hvordan kan man rekonstruere organismers slektskap? Hva er forskjellen mellom ulike måter å konstruere slektskapstrær på? Hvorfor trenger vi substitusjonsmodeller?

Kurset avsluttet med studentenes presentasjoner av «The Baikal Biodiversity Challenge». I denne oppgaven, som har løpt som en rød tråd gjennom hele kurset, skulle studentene designe et prosjekt for å kartlegge mangfoldet til en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette måtte de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen. Imponerende innsats og gode presentasjoner.

Takk til alle arrangørene, og BOLDs support team i Canada som var til stor hjelp. Takk går naturligvis også til alle studenter og lærere for en flott og lærerik uke!

baikal-selfie-largeHappy barcoders med #mydnabarcode skjerf. Foto: Laura Russell CC-BY-SA 4.0.

Ny workshop på DNA-strekkoding

NorBOL og NTNU Vitenskapsmuseet inviterer til workshop i DNA-strekkoding 17.-19. oktober 2018. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshopen: fotografering, prøvetaking og utfylling av data-ark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger.  Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.

Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 12 deltakere.

Påmelding gjøres til Aina Mærk Aspaas på epost innen 1. oktober 2018. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 10. september for ikke å komme på venteliste.

Påmeldingen må inneholde

  • navn, adresse og kontaktinformasjon
  • om du har behov for overnatting
  • eventuelle allergier eller diettkrav
  • kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med
  • antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
  • omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
  • tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
  • om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD4

Vi håper mange har mulighet til å delta!

Hilsen Aina Mærk Aspaas og Torbjørn Ekrem

 

Taksonomi er vitenskap

I en nylig publisert artikkel forfattet av 184 taksonomer fra 37 land, deriblant Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet, understrekes det at navngiving og beskrivelse av jordens mangfold (taksonomi) er en dynamisk vitenskap som er helt nødvendig for bevaring og bærekraftig bruk av biodiversitet og økosystemtjenester. Artikkelen er et svar på en kommentar i tidsskriftet Nature der Stephen T. Garnett og Les Christidis argumenterer for en ikke-vitenskapelig regulering organismers klassifisering. I deres øyne vil et internasjonalt panel av jurister, antropologer og sosiologer være bedre enn vitenskapelige eksperter til å regulere unødvendige endringer i navn og tilhørighet. Stabil taksonomi skal nemlig være bra for bevaring av jordens mangfold.

Bevaring av arter, og forvalting av planter, dyr og sopp som vi mennesker er avhengige av, er basert på gode forståelser av hva en art er og hva som skiller arter fra hverandre. Uavklarte artsgrenser og beskrivelser fører til gal forvaltning av naturressurser og bevaring av feil arter. Taksonomi er vitenskapen som beskriver, navngir og ordner jordens artsmangfold. Som annen vitenskap er den dynamisk, hypotesedreven og fagfellevurdert. Det må den være om vi skal forstå livet på jorda så godt som overhodet mulig.

Bevaring av biologisk mangfold krever solid og god taksonomisk forskning, ikke et utenforstående panel til å regulere hva som skal være gyldige arter. Derfor er det på høy tid at denne vitenskapen får økt anerkjennelse og ressurser nok til å beskrive de nærmere 10 millioner uklassifiserte artene som fremdeles finnes på vår planet.

Culicidae_foto_T_EkremEn mygg er ikke alltid den myggen du tror den er. Forskning forbedrer stadig vår forståelse av arter, inkludert ulike arter stikkmygg. Foto Torbjørn Ekrem CC-BY.

Les mer i artikkelen i PLOS Biology her: Thomson SA, Pyle RL, Ahyong ST, Alonso-Zarazaga M, Ammirati J, et al. (2018) Taxonomy based on science is necessary for global conservation. PLOS Biology 16(3): e2005075. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2005075

 

NorBOL og Artsprosjektet – sammen er vi dynamitt!

Artsprosjektet og NorBOL har hatt et godt samarbeid helt siden Artsprosjektet ble etablert i 2009.

Tilgang på materiale fra mindre kjente artsgrupper kan ofte være en begrensende faktor i arbeidet med å bygge opp et nasjonalt referansebibliotek med DNA-strekkoder. Gjennom den omfattende kartleggingen av arter som skjer i regi av Artsprosjektet, blir nytt materiale fra dårlig kjente arter identifisert av taksonomisk ekspertise og gjort tilgjengelig for DNA-sekvensering og registrering i BOLD. NorBOL gir prosjektledere veiledning i bruk av metoden og koordinerer arbeidet med DNA-strekkoding av arter samlet inn gjennom Artsprosjektet. Så langt har rundt halvparten av artene fra Norge som har fått en strekkode, opphav fra kartleggingen i Artsprosjektet.

Species from NTINoen av artene som har blitt registrert i Artsprosjektet. De fleste er også strekkodet gjennom NorBOL.

Tilgang på korrekt artsinformasjon er svært viktig for forskning og forvaltning. Ettersom DNA-strekkoding er et nyttig verktøy for å skille arter og oppdage ukjent diversitet, har samarbeidet mellom NorBOL og Artsprosjektet bidratt til både bedre kvalitet, flere datapunkter og større tilgjengelighet på artsrelatert informasjon i digitale tjenester. Begge prosjektene har hatt stor nytte av hverandre og sammen levert mer enn de kunne klart hver for seg.

Ingrid Salvesen, Artsdatabanken & Torbjørn Ekrem, NTNU Vitenskapsmuseet

Disse resultatene ble presentert på 7th International Barcode of Life Conference, Sør-Afrika, 2017. 

Norge blir vertskap for den 8. Internasjonale konferansen for livets strekkoder

Så er fire dager med spennende foredrag fra forskningsfronten på DNA-strekkoding over. Den 7. internasjonale konferansen for DNA-strekkoding i Kruger nasjonalpark i Sør-Afrika var en enestående opplevelse. Ikke bare var dagene fylt med gode foredrag fra studenter og garvede forskere, men omgivelsene rundt Skukuza Rest Camp var som i en drøm. Hvor ellers kan en spise frokost på terrassen mens en vannbøffel eller en liten elefantflokk kommer vandrende forbi?

Mangfoldet av dyr og planter i Kruger er stort. Det var også den faglige spennvidden på foredrag under konferansen. Ulike typer studier av så å si alle organismegrupper ble presentert som foredrag i saler eller elektronisk postere i vrimleområdet. Alt fra kryptisk diversitet hos insekter til analyser av miljø-DNA, matvarer og utrydningstruede arter ble diskutert av forskere fra fjern og nær.

For konferansen hadde svært internasjonal deltakelse. I alt 475 registrerte deltakere fra 72 nasjoner var innom konferanserommene i Skukuza, mange av dem var studenter og forskere fra Afrika. Med seks parallelle sesjoner ble det naturlig nok umulig å få med seg alt, men heldigvis vil plenaries og postere være tilgjengelig gjennom konferansens nettsted. Alle abstracts er for øvrig publisert i tidsskriftet Genome.

Norske deltakere på iBOL7Noen av de norske deltakerne var veldig glade for å invitere til den neste internasjonale konferansen for livets strekkoder. Foto Knut Andreas Hjelt.

Norge var sterkt representert på konferansen med hele 23 bidrag fra 15 deltakere. Omtaler av noen av disse bidragene vil bli presentert på www.norbol.org i ukene fremover. Vi gjorde oss godt bemerket, ikke minst gjennom å foreslå Norge og Trondheim som vertskap for den neste iBOL konferansen i 2019! En film med et noe dramatisk lydspor høstet applaus, og tatoveringene med #mydnabarcode var populære. Dato er satt til 17.-20. juni og arenaen blir Clarion Hotel & Congress på Brattøra.

Takk til arrangørene for et godt program og god mat. Gallamiddag i bushen under de afrikanske stjernene blir vanskelig å følge opp i 2019!

Hva skal Artsprosjektet inneholde?

Det var en fornøyelse å delta på Artsdatabankens lansering av ”Kunnskapsstatus for artsmangfoldet i Norge 2015” på Tøyen hovedgård forrige uke. En grundig rapport basert på artskunnskapen til 60 spesialister ble presentert på en profesjonell og informativ måte. Det kom tydelig fram at dette garantert er den beste oversikten vi har hatt over artsmangfoldet i Norge noen gang. Jeg tør våge påstanden at vi aldri ville vært der vi er uten Artsprosjektet og at analysen av kjent og ukjent diversitet har blitt mer presis gjennom bruk av DNA-strekkoding og satsningen til Norwegian Barcode of Life Network (NorBOL). Toget har helt klart vært på rett spor.

estimert-antall-uoppdagede-arter-i-norgeEt resultat fra rapporten. Estimert antall uoppdagete arter i Norge. Artsdatabanken CC-BY.

Så hva bør Artsprosjektet inneholde i fremtiden? Det ble antydet både fra talerstolen og fra salen at Artsprosjektet bør finansiere økologiske studier av bedre kjente arter fordi dette vil gi viktig informasjon til rødlistevurderinger og et bedre grunnlag for forvaltningen av artsmangfoldet. Etter min vurdering er dette feilslått strategi. Slike studier har andre kilder til finansiering, noe også Kristin Thorsrud Teien fra Klima og miljødepartementet antydet i sitt innlegg. Oppdagelse og beskrivelse av artsmangfold gir oss grunnleggende kunnskap om alt vi vet om naturen. Det er basal kunnskap som per i dag ikke har annen kilde til ekstern finansiering enn Artsprosjektet.

NorBOL har hatt svært stor glede og nytte av samarbeidet med Artsprosjektet. Vi har ikke bare fått muligheten til å inkludere referansedata for alle mulige artsgrupper i en åpen og tilgjengelig nasjonal forskningsinfrastruktur, men også fått bidra til å øke kompetansen på analyse og forståelse av genetisk diversitet hos våre samarbeidspartnere. DNA-strekkoding har bidratt til oppdagelse av ukjente arter, økt forståelse for kompleksiteten i ulike økosystemer og lagt til rette for nye forskningsprosjekter der molekylære verktøy benyttes til identifisering. Samarbeidet med kartleggingsprosjekt i Artsprosjektet har vært utslagsgivende for at vi i dag har nesten 12 000 arter fra Norge i det internasjonale strekkodebiblioteket.

Jeg håper at Artsprosjektet vil følge sporet som tidligere er lagt og jobbe for oppdagelse av arter til forskning og forvaltning av norsk natur. Som rapporten slo fast er det fremdeles mye å oppdage, beskrive og kartlegge både på lands og til vanns. Artsprosjektet er et fantastisk instrument til å lappe kunnskapshullene vi har om lite kjente organismegrupper, og noe vi er stolte av internasjonalt. NorBOL ser frem til videre samarbeid om dokumentasjon av artsmangfoldet, både gjennom strekkoder og referanseobjekter i vitenskapelige samlinger.

Torbjørn Ekrem

Koordinator NorBOL

DNAqua-Net: En COST-aksjon for utvikling av genetiske verktøy til undersøkelse av akvatiske økosystem

dnaqua_net-logo

Vann er en uerstattelig naturlig ressurs som samtidig er sterkt påvirket av menneskelig aktivitet. Ferskvann er hjem til nærmere 100 000 arter, nesten 6% av det kjente artsmangfoldet på kloden. Mange av disse artene har spesifikke krav til miljøet de lever i og er gode indikatorer for vannkvalitet og forurensning. Allikevel blir en stor del av artsgruppene ikke vurdert i kartlegging og overvåkning av ferskvann fordi de er vanskelige og tidkrevende å identifisere på ytre kjennetegn. Nye avlesningsteknikker for DNA muliggjør storstilt DNA-sekvensering av miljøprøver og kan revolusjonere måten vi vurderer og overvåker mangfoldet i ferskvann. Miljøstrekkoding, som dette kalles, vil dermed bli et viktig verktøy for Norges og andre europeiske lands oppfølging av EUs Vanndirektiv. DNAqua-Net har som mål å samle Europeiske forskningsmiljø for å etablere felles europeiske standarder for bruk av genomikk-verktøy i analyse og overvåkning av biologisk mangfold i ferskvann. Nettverket vil også utvikle en plattform for trening av neste generasjons forskere innenfor dette fagområdet.

Det første oppstartsmøte for DNAqua-Net ble holdt i COST sine lokaler i Brussel 20. oktober, 2016. Her ble aksjonen formelt godkjent og ledere for nettverket og deres arbeidsgrupper valgt. Så langt er 31 land tilknyttet aksjonen, med representanter i management committee oppnevnt av nasjonale COST-koordinatorer. Norges representanter er Trude Vrålstad (Veterinærinstituttet) og Torbjørn Ekrem (NTNU Vitenskapsmuseet). Aksjonens første konferanse skal holdes i Essen, Tyskland, 6-8 mars, 2017, med påfølgende møter i de fem arbeidsgruppene (ledere i parentes):

  • DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
  • Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
  • Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
  • Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
  • Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)

participants-dnaqua-net-meeting-brusselsDeltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.