Hvorfor legger noen gjøk blå egg? Det enkle svaret er kanskje fordi verten også gjør det. Men, hvordan ble det slik? En nylig publisert artikkel i Nature Communications gir deg bedre svar, og resultatene har en interessant kobling til DNA strekkoder.
Forfatterne bak artikkelen, med Frode Fossøy ved Institutt for Biologi (NTNU) i spissen, analyserte både mitokondrielt og nukleært DNA hos gjøk (Cuculus canorus) og dens nære slektninger fra et stort geografisk område. Resultatene viste tydelig at eggfarge hos gjøk nedarves fra mor. Videre viste Fossøy m.fl. (2016) at den blå eggfargen hos gjøk som parasitterer rødstjert (Phoenicurus phoenicurus) oppstod i en egen stamform for underartene C. c. canorus og C. c. bakeri for rundt 2,6 millioner år siden. Denne evolusjonære grenen i gjøkens mitokondrielle slektskapstre er genetisk adskilt og til og med parafyletisk i forhold til andre gjøkpopulasjoner og nært beslektede arter.
Deler fra figur i Fossøy m.fl. (2016) som viser haplotype slektskap mellom gjøk som legger egg med forskjellig farge. DNA strekkoder (b) og deler av det hunn-spesifikke w-kromosomet (c).
Hva er så koblingen til DNA strekkoder? Vel, den store genetiske forskjellen mellom gjøkpopulasjonene ble opprinnelig oppdaget med DNA strekkoder (COI) og utløste videre analyse med andre genetiske markører for å avsløre den evolusjonære historien til blå gjøkegg. I dette tilfellet skyldtes ikke de store genetiske ulikhetene mellom gjøkpopulasjoner kryptiske arter, men DNA strekkodedata bidro til å finne og plassere en interessant brikke i gjøkens evolusjonære puslespill.
Et vakkert (og noen mener skummelt) bilde har preget forsiden til norbol.org i en god stund, og det er på tide med en utskiftning. NorBOL inviterer derfor til fotokonkurranse der vinneren får bildet sitt på forsiden av norbol.org, #mydnabarcode buff og #mydnabarcode krus. Send ditt beste forslag til Torbjørn innen 15. februar for å bli med i trekningen. Bildet eller illustrasjonen må være i landskapformat og vinneren kåres på styringsmøtet i NorBOL 2. mars. Lykke til!
NorBOL og Tromsø Museum – Universitetsmuseet ønsker velkommen til workshop i DNA-strekkoding 8-10 februar 2016. Målet med denne workshopen er å gi deltagerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD).
Workshopen vil foregå i Tromsø Museums lokaler i Telegrafbukta 8-10 februar 2016. Vi starter med en kort innføring i bruk av strekkoding innen forskning og forvaltning, mens det meste av workshopen vil bli viet til praktisk arbeid med eget materiale. Det forventes dermed at deltagerne tar med seg eget materiale av den organismegruppen de skal arbeide med samt tilhørende data for opplasting i BOLD. Dyr, planter og sopp fra Norge er aktuelt, spesielt materiale fra kartleggingsprosjekter finansiert av Artsprosjektet. Deltagere som nettopp har startet egne prosjekter og ikke har eget materiale, kan jobbe med materiale fra våre samlinger.
I løpet av workshopen skal deltagerne arbeide med alle trinn i prosessen for klargjøring av en DNA-prøveplate. Dette innebærer fotografering og dataregistrering av hver enkelt individ samt prøvetaking og innsending av plater og data til BOLD. Vi vil gå gjennom følgende trinn:
Oppbygging av Barcode of Life Data Systems (BOLD) og hvordan starte et nytt prosjekt.
Vevsprøvetaking og fylling av plater.
Billedtaking og opplasting av bilder til BOLD.
Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.
Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte samt overnatting (Sydspissen hotell) for en person per pågående prosjekt.
Workshopen har en begrensing på 10 personer og påmelding gjøres til Marie Føreid Merkel per epost (marie.k.foreid_at_uit.no) innen 20 januar.
Påmeldingen må inneholde:
Navn, adresse og kontaktinformasjon.
Om du har behov for overnatting.
En kort beskrivelse av hvilken organismegrupper du arbeider med inkludert følgende informasjon:
Hvor mange individer du tenker å bearbeide under workshopen. En DNA-prøveplate har plass til 95 prøver, men på grunn av den videre analysen er det begrenset hvilke organismegrupper som kan dele samme plate. Vi trenger dermed å vite hvilke organismegrupper det planlegges å jobbe med, samt antallet individer.
Omtrentlig størrelse på organismene så vi kan vurdere hva slags fotoutstyr du trenger for å kunne dokumentere dine referanseindivid («vouchers»).
Informer oss gjerne om eventuelle tidligere erfaringer med sekvensering / strekkoding.
Torsdag 3. desember var det i tradisjonens tro igjen duket for Tromsø museums årlige Desembernatt.
Dette er et arrangement hvor alle ansatte får muligheten til å være med å lage aktiviteter og vise fram kunnskap til publikum. I fjor var DNA-strekkoding og NorBOL representert ved aktiviteten «mysterie juicen» hvor nytten av DNA strekkoding og et referanse bibliotek ble formidlet. I år var det selve arbeidet med oppbyggingen av referansebiblioteket som ble forsøkt formidlet ved å holde de botaniske samlinger åpne for publikum og vise hvordan disse blir strekkodet.
Insekter under lupen. Foto Adnan Icagic CC-BY.
Oppe i utstillingene holdt førsteamanuensis Jostein Kjærandsen og Amandine Deschamps en aktivitet der barna fikk plukke ut og studere forskjellige insekter i lupe. Hva DNA-strekkoding er og hvordan det fungerer ble formidlet til foreldre og andre interesserte. Nede på botanisk i Telegrafbukta var det åpne magasiner og noen interesserte trosset været og kom ned for å ta en titt. Der ble det gitt en grundig omvisning i samlingene, prosessen fra sopp/lav/pante i naturen til ferdig innordnet i samlingene ble beskrevet og vist med eksempler. Viktigheten av slike samlinger ble formidlet og NorBOL ble trukket fram som et eksempel på arbeid som er tilknyttet museumssamlingene.
Marie K. Føreid Merkel, barcode manager Tromsø Museum
Geir Mathisen viser publikum mikrosopp fra herbariet. Foto Mari Karlstad CC-BY.
Symposiet Biodiversity and DNA Barcodingble holdt på Scandic Nidelven hotell 11-12 november 2015. Med nærmere 100 deltakere fra Norge, Sverige, Canada, Finland, Tyskland, Tsjekkia og Storbrittania ble møtet større enn forventet og en flott møteplass for naturforvaltere, strekkodere, artsprosjektdeltakere og andre interessert i biologisk mangfold og DNA-strekkoding.
Som programmet på symposiesidene kan bekrefte, var det stor variasjon i både tema og organismegrupper. Vi ble ledet gjennom taksonomiske utfordringer i soppriket, hos marine invertebrater og hos insekter, mange først oppdaget ved hjelp av DNA strekkoder. Vi ble tatt med på en reise ned i havet og inn i mosen, og introdusert for de mulighetene molekylære metoder gir oss til å studere næringsnett, pollinering og mikroskopiske organismer. Vi fikk høre om The Planetary Biodiversity Mission, nyvinningene som kommer i BOLD4 og om LifeScanner, et citizen-science initiativ der identifisering med DNA-strekkoding blir tilgjengelig for alle.
Foredragsholdere ved symposiet. Fra venstre: Anders Hobæk, Christiane Todt, Marie Davey, Hans Tore Rapp, Frode Ødegaard, Inger Greve Alsos, Natasha de Vere, Endre Willassen, Kristian Hassel, Sujeevan Ratnasingham, Elisabeth Stur, Christer Erséus, Paul Hebert, Tomas Roslin. Tor Erik Brandrud og Gunn Paulsen var ikke tilgjengelige når bildet ble tatt. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet, CC-BY.
Både arrangører og deltakere synes godt fornøyd med konferansen. Det meste gikk som smurt, maten var god og selv om det ble musikk fra naborommet til de avsluttende presentasjonene på dag to, var det tilfredse deltakere som forlot Scandic Nidelven etter endt møte. Mange takk til alle deltakere for at dere kom! Flere bilder fra konferansen ligger på Flickr.
Deltakere på symposiet Biodiversity and DNA barcoding 2015. Foto Åge Hojem, NTNU Vitenskapsmuseet CC-BY.
Antarctica is a land of superlatives with biota exposed to the steepest chemical gradients, driest soils, and extreme temperature fluctuations. These conditions, coupled with a history of 80 million years’ worth of glacial cycles have shaped an ecosystem characterised by low biodiversity. Robert F. Scott may be forgiven for stating “we have seen no living thing, not even a moss or a lichen” whilst in the Dry Valleys during 1903.
Benson glacier. Photo: Gemma Collins CC-BY.
In an area of the Ross Sea region spanning more than six degrees of latitude there are only 10 species of springtail, separated into three distinct biogeographic zones each with three (and in one case four) unique species. Springtails are an important feature of terrestrial Antarctic systems as they are not only the largest year-round inhabitants at a mere1.5mm (with penguins and seals spending much of their time offshore), they are also highly sensitive to environmental disturbances, making them ideal bioindicators of climate change.
Floating springtails. Photo: Gemma Collins CC-BY.
Our most recent work this past season focussed on the “middle” biogeographic zone which revealed a total of six BINs from the original three species present. These three new BINs were between 5-12% divergent from their nearest neighbours. The discovery of these new BINs is a further example of the growing realisation that whilst comparatively depauperate in the global sense, Antarctica is much more diverse than it was once thought to be. This is particularly true in the case of genetic diversity, with the rise in molecular techniques revealing high levels of cryptic biodiversity within Antarctic arthropods. The application of molecular clock dating techniques further suggested that these BINs separated 3-5 million years ago. It was during this time that the Western Antarctic Ice Sheet (WAIS) was thought to have completely collapsed. This phenomenon would have resulted in sea levels rising and increased dispersal opportunities for Collembola via meltwater streams and open sea-ways before the WAIS eventually reformed. The various BINs appear to have remained in relative isolation ever since. The presence of these unique genetic differences means that any future changes in species’ distributions can be easily tracked through the DNA barcoding of individuals. From this, we can further enhance our capacity to detect subtle biological responses resulting from gradual climate changes.
Clare Beet collecting springtails. Photo: Ian Hogg CC-BY.
In August, I gave a presentation at the 6th international Barcode of Life conference on my master’s thesis work assessing the distribution and genetic diversity of Antarctic springtails (Collembola). For this presentation I was generously awarded the NorBOL Prize for Excellence in Polar Research. I really enjoyed sharing my work with the wider barcoding community and look forward to hopefully getting involved in polar research in the future.
Den andre uka i august dro en gruppe utenlandske og norske mykologer på feltekskursjon til Svalbard, og NorBOL fikk bli med å strekkode det de fant! Med base i Longyearbyen dro gruppen på dagsturer til Bolterdalen, Endalen, Blomsterdalen, Bjørndalen og Reveneset.
Siri Rui (UiO) samler inn Russula nana til strekkoding i Bjørndalen. Foto Aina Mærk Aspaas (CC-BY)
Ettermiddagene ble tilbrakt på UNISs fasiliteter der materialet ble bearbeidet og vevsprøver ble tatt til sekvensering. Sopp på Svalbard har ikke blitt strekkodet tidligere og turen ga derfor et viktig tilskudd av strekkoder fra arter som vokser i arktiske områder. Ivrige mykologer som var veldig positive til å dele sine funn med NorBOL gjorde at det ble en vellykket tur, og det ble tatt prøver av rundt 70 arter. Mange takk til Håvard Kauserud (UiO) og Pernille Bronken Eidesen (UNIS) for et veldig godt opplegg, og til alle andre deltakere for hyggelig samvær.
Aina Mærk Aspaas tar vevsprøver av sopp ved UNIS. Foto Siri Rui (CC-BY)
Den sjette internasjonale konferansen på DNA-strekkoding ble nylig avsluttet med ord til ettertanke fra Thomas Lovejoy, Dan Janzen og Paul Hebert: Verdens artsmangfold forsvinner raskere enn noensinne og vi har et akutt behov for å tilegne oss mer kunnskap om klodens arter og deres biologi før de forsvinner for godt.
Konferansen i Guelph, Canada var imponerende på alle måter og den faglige bredden og dybden understreket møtets tema «Barcodes to biomes» til fulle. Med hele 30 inviterte foredragsholdere i eliteklassen og 600 deltagere fra 60 land ble møtet en overveldende faglig suksess. Abstracts fra alle foredrag og postere er publisert i tidsskriftet Genome.
Alle foredrag ble holdt i Rozanski Hall ved Universitetet i Guelph. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).
I tillegg til en faglig meget sterk profil hadde arrangørene lagt vekt på sosiale sammenkomster og flere spesielle finurligheter. Hør bare: Gruppebildet ble tatt som film med drone, et eget øl ble brygget (og DNA-strekkodet) og alle inviterte foredrag ble streamet live på YouTube. I tillegg ble det holdt en bioblitz i et nærliggende naturreservat dagen før konferansen. De innsamlede organismene ble DNA-strekkodet og en artikkel med de 120 deltakerne som forfattere produsert i løpet av konferanseuken. Paperet er allerede under fagfellevurdering i tidsskriftet Biodiversity Data Journal. Ikke annet enn imponerende. – Og om du ikke tror det, se Twittermeldinger merket #dnabarcodes2015.
På møtet ble det også besluttet å opprette en internasjonal forening for DNA-strekkoding (ISBOL) og et interrimstyre er nedsatt for å utarbeide rettningslinjer og oppgaver. Foreningen vil i stor grad ta over de oppgavene som CBOL har hatt tidligere, og med et demokratisk valgt styre blant annet avgjøre standarder for DNA-strekkoding og legge til rette for konferanser.
Det blir ikke enkelt for kommende arrangører å overgå årets konferanse i faglig styrke og strømlinjeformet organisering. Kanskje var det derfor Michelle van der Bank fra Universitetet i Johannesburg foreslo Krüger National Park som møteplass for den neste konferansen i 2017. Med en setting i en av verdens mest berømte nasjonalparker vil nok mange bli fristet til å delta!
Universitetet i Guelphs griff tar farvel med #mydnabarcode. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).
32 lavforskere fra 12 europeiske land møttes i Steinkjer i uken 3-7 august 2015 for en feltekskursjon og et symposium. NorBOL var til stede og benyttet anledning til å ta nesten 150 prøver av lav for DNA strekkoding, mange av dem av arter som deltagere hadde spesiell kompetanse på. Møtet var arrangert av Nordisk lichenologisk forening og var delvis finansiert av Artsdatabanken og NorBOL.
– Einar Timdal, Naturhistorisk Museum, UiO.
Deltakere studerer lav ved Mokk kobbergruve. Foto Mika Bendiksby (CC-BY).
Jukka Pykälä og Mika Bendiksby tar prøver til DNA-strekkoding. Foto Einar Timdal (CC-BY).
Er DNA strekkoding av vann og sparkeprøver bedre enn tradisjonelle metoder i miljøovervåkning av ferskvann? Dette er et av spørsmålene forskere ved NTNU Vitenskapsmuseet, BIO, NINA, NIVA og ZFMK ønsker å besvare i det nystartede prosjektet «Environmental barcoding av aquatic invertebrates (EBAI)».
Nylig ble det gjennomført feltarbeid i Rondane der både vann og bunndyr ble hentet ut av elven Døråla. Bunndyr ble lagt på sprit, mens vann ble filtrert gjennom ulike filtertyper.
Terje Bongard (NINA) og Karstein Hårsaker (NTNU Vitenskapsmuseet) tar sparkeprøver ved Vollen. Foto: Torbjørn Ekrem (CC-BY).
Postdoktor Markus Majaneva og prosjektleder Torbjørn Ekrem ved NTNU Vitenskapsmuseet rapporterer om svært vellykket feltarbeid der ikke engang kuling og regn kunne sette en stopper for filtrering av vannprøvene i det mobile laboratoriet (bagasjerommet på en bil). Resultatene fra det første eksperimentet er ventet sent i 2015 eller begynnelsen av 2016.
Filtrering av vann. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).
Prosjektet er finansiert av Norges forskningsråd og Miljødirektoratet.
Ved å benytte NTNUs nettsider samtykker du i at vi kan etterlate informasjonskapsler i din nettleser.
By using NTNU's websites, you agree that we may leave cookies in your browser.
English 
Norwegian Bokmål 
Deler fra figur i Fossøy m.fl. (2016) som viser haplotype slektskap mellom gjøk som legger egg med forskjellig farge. DNA strekkoder (b) og deler av det hunn-spesifikke w-kromosomet (c).
Alle foredrag ble holdt i Rozanski Hall ved Universitetet i Guelph. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).
