Vann er en uerstattelig naturlig ressurs som samtidig er sterkt påvirket av menneskelig aktivitet. Ferskvann er hjem til nærmere 100 000 arter, nesten 6% av det kjente artsmangfoldet på kloden. Mange av disse artene har spesifikke krav til miljøet de lever i og er gode indikatorer for vannkvalitet og forurensning. Allikevel blir en stor del av artsgruppene ikke vurdert i kartlegging og overvåkning av ferskvann fordi de er vanskelige og tidkrevende å identifisere på ytre kjennetegn. Nye avlesningsteknikker for DNA muliggjør storstilt DNA-sekvensering av miljøprøver og kan revolusjonere måten vi vurderer og overvåker mangfoldet i ferskvann. Miljøstrekkoding, som dette kalles, vil dermed bli et viktig verktøy for Norges og andre europeiske lands oppfølging av EUs Vanndirektiv. DNAqua-Net har som mål å samle Europeiske forskningsmiljø for å etablere felles europeiske standarder for bruk av genomikk-verktøy i analyse og overvåkning av biologisk mangfold i ferskvann. Nettverket vil også utvikle en plattform for trening av neste generasjons forskere innenfor dette fagområdet.
Det første oppstartsmøte for DNAqua-Net ble holdt i COST sine lokaler i Brussel 20. oktober, 2016. Her ble aksjonen formelt godkjent og ledere for nettverket og deres arbeidsgrupper valgt. Så langt er 31 land tilknyttet aksjonen, med representanter i management committee oppnevnt av nasjonale COST-koordinatorer. Norges representanter er Trude Vrålstad (Veterinærinstituttet) og Torbjørn Ekrem (NTNU Vitenskapsmuseet). Aksjonens første konferanse skal holdes i Essen, Tyskland, 6-8 mars, 2017, med påfølgende møter i de fem arbeidsgruppene (ledere i parentes):
DNA Barcode References (Torbjørn Ekrem, Norge + Fédor Ciampor, Slovakia)
Biotic Indices & Metrics (Jan Pawlowski, Sveits + Maria Kahlert, Sverige)
Lab & Field Protocols (Kat Bruce, UK + Emre Keskin, Tyrkia)
Data Analysis & Storage (Kessy Abarenko, Estland + Diego Fontaneto, Italia)
Implementation Strategies & Legal Issues (Patricia Mergen, Belgia + Daniel Hering, Tyskland)
Deltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.
NorBOL og Naturhistorisk museum i Oslo inviterer til workshop i DNA-strekkoding 6.-8. februar 2017. Målet for workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom NorBOL og Barcode of Life Data Systems (BOLD). Deltakerne tar med eget materiale og jobber med dette under workshop’en: fotografering, prøvetaking og utfylling av dataark. Har man ikke eget materiale kan man jobbe med materiale fra museets samlinger. Siste dagen går vi gjennom analysefunksjoner i BOLD v4, og man kan få hjelp til å analysere egne data, eller prøve seg på et eksempeldatasett. Følg lenkene for nærmere informasjon om krav til medbrakt materiale og tentativt program.
Workshopen er finansiert av NorBOL som dekker reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for én person per pågående prosjekt. Maksimum 10 deltakere.
Påmelding gjøres til Gunnhild Marthinsen på epost innen 20. januar 2017. Deltakere i Artsprosjekter har forrang og må melde seg på innen 15. desember for ikke å komme på venteliste.
Påmeldingen må inneholde
navn, adresse og kontaktinformasjon
om du har behov for overnatting
eventuelle allergier eller diettkrav
kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du jobber med:
antall individer du planlegger å prosessere under workshopen (helst 95, og ikke flere)
omtrentlig størrelse på organismene – for at vi skal kunne vurdere type fotoutstyr
tidligere erfaring med sekvensering/strekkoding
om du er interessert i analysefunksjonene i BOLD v4
Den sjette internasjonale konferansen på DNA-strekkoding ble nylig avsluttet med ord til ettertanke fra Thomas Lovejoy, Dan Janzen og Paul Hebert: Verdens artsmangfold forsvinner raskere enn noensinne og vi har et akutt behov for å tilegne oss mer kunnskap om klodens arter og deres biologi før de forsvinner for godt.
Konferansen i Guelph, Canada var imponerende på alle måter og den faglige bredden og dybden understreket møtets tema «Barcodes to biomes» til fulle. Med hele 30 inviterte foredragsholdere i eliteklassen og 600 deltagere fra 60 land ble møtet en overveldende faglig suksess. Abstracts fra alle foredrag og postere er publisert i tidsskriftet Genome.
Alle foredrag ble holdt i Rozanski Hall ved Universitetet i Guelph. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).
I tillegg til en faglig meget sterk profil hadde arrangørene lagt vekt på sosiale sammenkomster og flere spesielle finurligheter. Hør bare: Gruppebildet ble tatt som film med drone, et eget øl ble brygget (og DNA-strekkodet) og alle inviterte foredrag ble streamet live på YouTube. I tillegg ble det holdt en bioblitz i et nærliggende naturreservat dagen før konferansen. De innsamlede organismene ble DNA-strekkodet og en artikkel med de 120 deltakerne som forfattere produsert i løpet av konferanseuken. Paperet er allerede under fagfellevurdering i tidsskriftet Biodiversity Data Journal. Ikke annet enn imponerende. – Og om du ikke tror det, se Twittermeldinger merket #dnabarcodes2015.
På møtet ble det også besluttet å opprette en internasjonal forening for DNA-strekkoding (ISBOL) og et interrimstyre er nedsatt for å utarbeide rettningslinjer og oppgaver. Foreningen vil i stor grad ta over de oppgavene som CBOL har hatt tidligere, og med et demokratisk valgt styre blant annet avgjøre standarder for DNA-strekkoding og legge til rette for konferanser.
Det blir ikke enkelt for kommende arrangører å overgå årets konferanse i faglig styrke og strømlinjeformet organisering. Kanskje var det derfor Michelle van der Bank fra Universitetet i Johannesburg foreslo Krüger National Park som møteplass for den neste konferansen i 2017. Med en setting i en av verdens mest berømte nasjonalparker vil nok mange bli fristet til å delta!
Universitetet i Guelphs griff tar farvel med #mydnabarcode. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).
Artsdatabanken og det norske nettverket for DNA-strekkoding (NorBOL) har gleden av å invitere til symposium på biodiversitet og DNA-strekkoding i Trondheim 11-12. november 2015. Konferansen har som mål å formidle ny kunnskap om arter i Norge og vise hvordan DNA-strekkoding bidrar til forståelsen av arters mangfold, biologi og økologi. Vi håper at symposiet vil bli en attraktiv møteplass for forskere, studenter og forvaltere av biologisk mangfold og kan friste med foredrag fra flere anerkjente forskere, blant annet Paul Hebert, Sujeevan Ratnasingham, Natasha de Vere og Tomas Roslin. Mer informasjon om konferansen, bekreftede foredragsholdere og lenke til påmelding finnes her: Biodiversity and DNA barcoding. Velkommen!
Arrangementskomiteen
Ingrid Salvesen
Ingrid Ertshus Mathisen
Aina Mærk Aspaas
Torbjørn Ekrem
På vegne av NorBol og Universitetsmuseet i Bergen, ønsker vi velkommen til workshop i DNA-strekkoding for biomangfoldsstudier. Invitasjonen retter seg særlig mot nye bidragsytere til NorBOLs arbeid gjennom BOLDSYSTEMS, og målet med workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom dette systemet.
Tid og sted
Aktivitetene vil foregå i ved Naturhistorisk avdeling i Realfagbygget i tiden 9.-11. mars 2015. Deltakerne må regne med lengre arbeidsdager enn normal arbeidstid.
Innhold
Deltakerne skal, i løpet av workshopen, arbeide seg gjennom alle trinn i klargjøringen av en full DNA-prøveplate (95 prøver). Dette innebærer fotografering og dataregistrering av hver enkelt organismeprøve, (vevs-)prøvetaking, og innsending av prøveplater og data til BOLD-systemet.
Det forventes at deltakerne medbringer materiale av den flercellede organismegruppen de skal arbeide med (fortrinnsvis ca. 5 individer per antatt art fra norsk område). Deltakere med nye prosjekttildelinger fra Artsdatabanken, og som ennå ikke har egnet materiale, kan likevel delta ved å samarbeide med andre deltakere som har materiale.
I dette kurset vil vi også gi korte innføringsforedrag om teoretiske aspekter ved DNA-strekkoding og om relevante bioinformatiske analysemetoder, spesielt de som tilbys gjennom BOLD. Vi vil kort redegjøre for betingelser som gjelder for NorBOL-finansierte sekvenseringsprosjekter. Vi vil også vise eksempler på ulike behov for systematisk og taksonomisk oppfølging som strekkodedata kan synliggjøre når strekkoder er produsert.
Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte, overnatting på Steens Hotel og opphold for en person per pågående prosjekt. Antall deltakere vil være begrenset til 10.
Påmelding
gjøres per e-post til Katrine Kongshavn (Katrine.Kongshavn_at_um.uib.no) innen 09. februar. Innen 14. februar vil vi gi beskjed om hvorvidt du har fått plass på årets workshop.
Påmeldingen må inneholde:
Navn, adresse og kontaktinformasjon
Om du har behov for overnatting
Kort beskrivelse av hvilken organismegruppe du arbeider med og om eventuell finansiering fra Artsdatabanken eller andre kilder for videre arbeid. Hvilke og hvor mange prøver du tenker å prosessere under workshopen, og hvilken type fotoutstyr du trenger for å dokumentere dine «vouchers». Skriv også et par ord om eventuell tidligere erfaring med sekvensering / strekkoding.
Hvilke tema du ønsker du eventuelt å lære mer om (flere valg mulig):
Oppbygning av Barcode of Life Data Systems (BOLD, www.boldsystems.org) og hvordan starte et nytt prosjekt.
Vevsprøvetaking, fylling av prøveplater.
Bildetaking og innsending av bilder til BOLD.
Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.
I disse dager signeres kontraktene med Norges forskningsråd og Artsdatabanken om videre finansiering av det norske nettverket for DNA-strekkoding for perioden 2014-2018. Alt ligger dermed til rette for at NorBOL kan utvikles til en fullskala nasjonal forskningsinfrastruktur for DNA-strekkoding de neste fem årene.
Den videre utbyggingen av det åpne biblioteket med DNA strekkoder over norske arter i Barcode of Life Data Systems vil naturlig nok ha et sterkt fokus, men også kompetanse- og nettverksbygging hos NorBOL-partnere vil bli prioritert. Prosjektet ledes fra NTNU Vitenskapsmuseet i Trondheim med hovedsamarbeidspartnere ved Universitetsmuseet i Bergen, Naturhistorisk museum i Oslo, Tromsø museum – Universitetsmuseet og Biodiversity Institute of Ontario i Guelph. Andre norske samarbeidspartnere i NorBOL, spesielt forskningsinstituttene (se her), vil fortsatt være viktige bidragsytere i prosjektet ettersom svært mye av den taksonomiske kompetansen ligger her. Alle NorBOL partnere er invitert til å delta i prosjektets rådgivende gruppe mens noen utvalgte insitusjoner vil utgjøre styringsgruppen.
Prosjektet har en budsjettert total økonomisk ramme på ca. 100 mill. kroner over fem år. Av dette er drøyt 70% estimert egenbidrag fra samarbeidspartnere og andre forskning- og kartleggingsprosjekter. Det resterende beløpet finansieres av Norges forskningsråd (25,6 mill.) og Artsdatabanken (4 mill.) og vil i hovedsak bidra til ansettelse av fire «barcode managers» ved universitetsmuseene, prosjektkoordinering, workshops og delfinansiering av analysekostnader.
Følg med på norbol.org eller @norwbol på Twitter for jevnlige oppdateringer på prosjektet.
NTNU Vitenskapsmuseet har den glede å invitere til en ny workshop om DNA-strekkoding. Workshopen vil foregå ved Vitenskapsmuseets Seksjon for naturhistorie i Trondheim 25-27. mars, 2014.
Målet med workshopen er at deltakerne skal få praktisk og teoretisk kunnskap om bruk av DNA-strekkoding i biomangfoldstudier. Det er derfor tenkt at mest av tiden vil benyttes til praktisk arbeid der det jobbes med materiale fra egne prosjekter. Det vil bli holdt en kort innføringsforelesning. Programmet er tilgjengelig her: Program workshop.
Workshopen er finansiert av NorBOL og vil dekke reise på rimeligste måte, overnatting og opphold for en person per pågående prosjekt. Det forutsettes at deltakerne tar med materiale for strekkoding eller egenproduserte sekvenser samt tilhørende data for opplasting til egne prosjekt i BOLD. Dyr, planter eller sopp fra Norge er aktuelt, spesielt materiale fra kartleggingsprosjekter i Artsprosjektet. Antall deltakere vil være begrenset til 15, og det anbefales å være tidlig ute med påmeldingen.
Påmelding gjøres per e-post til Elisabeth Stur (elisabeth.stur@ntnu.no) innen 23. februar.
Påmeldingen må inneholde:
Navn, adresse og kontaktinformasjon
Om du har behov for overnatting
Hvor mange individer av hvilke(n) gruppe(r) du planlegger å prosessere i løpet av workshopen.
Hvilke tema du ønsker å lære mer om (flere valg mulig):
Oppbygning av Barcode of Life Data Systems (BOLD, www.boldsystems.org) og hvordan starte et nytt prosjekt.
Vevsprøvetaking, fylling av prøveplater.
Bildetaking og innsending av bilder til BOLD.
Innsending av egenproduserte sekvenser og trace-files til BOLD.
Analysering av sekvenser/diversitet med verktøy i BOLD.
NorBOL institusjonene NTNU Vitenskapsmuseet og Universitetsmuseet i Bergen har i løpet av de siste seks månedene vært med-arrangører av tre vellykkede workshoper på DNA-strekkoding. Møtene ble holdt i Grahamstown, Bergen og ved La Selva biologiske stasjon i samarbeid med partnere fra Sør-Afrika, Vest-Afrika, Spania og Costa Rica, og var en del av prosjektet ”Capacity building in modern taxonomy as an instrument for knowledge transfer in IPBES”. Initiativet er delfinansiert gjennom Miljødirektoratets satsning på kunnskapsoverføring knyttet mot FNs Naturpanel for biodiversitet og økosystemtjenester. På all møtene ble bakgrunn, omfang og anvendbarheten av DNA-strekkoding presentert og diskutert, men det ble også lagt stor vekt på det praktiske arbeidet med organisering, registrering, billedtaking og innsending av prøver. Øvelser med analyse av offentlig tilgjengelige strekkodedata i Barcode of Life Data Systems (BOLD) ble også gjennomført, og bruk av DNA-strekkoding i ulike områder av naturforvaltningen ble presentert.
Workshopen i Grahamstown fant sted i lokalene til South African Institute of Aquatic Biodiversity (SAIAB) med rundt 20 entusiastiske deltakere fra hele landet i tillegg til organisatorene fra Sør-Afrika og Norge. Taksonomisk hovedfokus var på organismer i ferskvann.
Workshopen i Bergen samlet deltakere fra Ghana, Nigeria, Elfenbenskysten, Mauritania, Spania, Portugal, Tyskland, Russland og Norge på Espegrend marinbiologiske stasjon. Innsamlede marine invertebrater fra et stort område langs Afrikas vestkyst ble sortert, identifisert of strekkodet. Les mer om workshopen på prosjektets blogg her:
Workshopen i Costa Rica ble holdt på La Selva biologiske stasjon et par timers kjøring nord for hovedstaden San José. 18 deltakere fra Costa Rica, Equador, Mexico, Norge, Panama, Puerto Rico, USA deltok; alle jobbet med ferskvannsinsekter. Bildet viser John H. Epler i gang med identifisering av fjærmygg fra Costa Rica.
Ved å benytte NTNUs nettsider samtykker du i at vi kan etterlate informasjonskapsler i din nettleser.
By using NTNU's websites, you agree that we may leave cookies in your browser.
English 
Norwegian Bokmål 
Deltakere på oppstartsmøtet til COST-aksjonen DNAqua-Net.
Alle foredrag ble holdt i Rozanski Hall ved Universitetet i Guelph. Foto Torbjørn Ekrem (CC-BY).
